紀元３世紀頃の邪馬台国を舞台に、無鉄砲な少年・ライカの活躍を描いた歴史アクションファンタジー。邪馬台国に君臨する女王・卑弥呼（ひみこ）が老いていき、魏の国よりの使者・張政（ちょうせい）は野望を抱き始める。同じ頃、熊木山に住む少年・ライカは、仲間達と山向こうの様子を見に行き、水浴びをする少女と遭遇する。その少女こそ、卑弥呼の後継者である巫女・壱与（いよ）であり……!?

卑弥呼の死後、壱与（いよ）を新女王にして邪馬台国の乗っ取りを企む張政（ちょうせい）。その即位式に起こった反乱に乗じて壱与を助けようとするライカは、張政との一騎打ちに勝利し、壱与を奪い返して逃亡する。しかしイキナメの奇術によって張政は復活し、反乱は完全に鎮圧されて、壱与を連れ戻すための討伐隊が出される。そしてウツキ、オタジと運よく合流したライカ達だったが……!?

ライカ達とともに邪馬台国を出奔していた壱与（いよ）は、自分達の犠牲となって死んだタキの母が最後に言った言葉に苦悩する。その後、邪馬台国を偵察したウツキとオタジから、女王がいないために奴隷達が大量に殺されている事実を知らされたライカは、張政（ちょうせい）を倒すべきだと意見するオタジをその後の事を考えて制止する。そして蜘蛛となって現れた邪馬台国の怨霊達を成仏させた壱与は、邪馬台国へ帰る決意を……!?

新しい国を建設しようと旅に出たライカ達は、その途中にある砦のリーダー・クコチヒコに山童（やまわろ）の仲間と勘違いされて捕らえられてしまう。そんな時、山童の大群が砦を襲撃してきて、牢屋から抜け出したライカ達はクコチヒコに助太刀する。そして甚大な損害を被ったクコチヒコ達は、山童を叩きつぶそうと決意して、砦の運命を賭けた戦いにライカと手を組んで……!?

山童（やまわろ）との戦いに勝利するも、キクナが犠牲になって悲しみに暮れるタキとクコチヒコ。せっかく出会った仲間をたくさん失ったライカは、死んでいった人々の形見である鉄の剣を使って砦の仲間達とともに狗奴国に乗り込もうと考える。そんなライカの前に現れたクコチヒコは、ライカにどこまでもついていくと宣言して、一族のご神体である神剣を捧げる。そしてライカの国造りが動き出すが、壱与（いよ）の邪馬台国では……!?

ウツキを助けるために狗奴国へ乗り込んだライカ達は、狗奴国国王・ヒメキコソの迫力に圧倒されて捕まってしまう。そして閉じこめられた牢屋の隣で瀕死のウツキを発見したライカは、激怒のあまり凄まじいパワーを発揮して牢屋を破って脱走する。その時、カミナリ頭になったライカを見たヒメキコソは、生まれてすぐに捨てられた皇子ではないかと考え出して……!?

魏の国が滅んだために公孫一族の七人衆が邪馬台国へやってきた事で、一カ月後に狗奴国との戦闘を開始すると決意した張政（ちょうせい）。一方、孤立していた壱与（いよ）は、奴隷達のリーダー・ダナンと連絡を取り、ナシメと協力しあって張政から邪馬台国を守ろうと画策する。そんな時、ダナンとの連絡係となっていたカマチが、七人衆のユンに捕まってしまうのだが……!?

壱与（いよ）の計画した内乱が失敗に終わり、邪馬台国への出陣を決意したライカ。しかしヒメキコソに出発を止められたライカは、狗奴国の神事“五房の行”を受けろと命じられる。それを受けて立ったライカは、多数の土傀儡の襲撃と暗闇での幻覚を克服して五房の行その一“闇しばり克己の行”を突破する。一方、牢屋に閉じこめられた壱与（いよ）は、すっかり正気を失ってしまい……!?

“五房の行”でもう一人の自分と対決したライカは、宇宙の大王として生きるように告げられ、とてつもない威厳と無敵の力を身につけて五房の行を突破する。そんな時、邪馬台国から生還した夜美（やみ）とキジノヒコから、三日以内に邪馬台国が狗奴国へ向けて挙兵すると知らされたライカは、先手を打って邪馬台国を叩きつぶそうと出陣する。一方、夜美達の逃亡を知った張政（ちょうせい）は……!?

ようやく父子として気持ちが通じ合ったライカとヒメキコソ。しかし邪馬台国を目の前にしてヒメキコソは急死してしまい、ライカはその悲しみを乗り越えて邪馬台国への出撃を決意する。そんな時、七人衆のワタハタ、タルバ、ムジンによって東の陣が全滅したと知らされたライカは、彼らに襲われて窮地に陥った南の陣の夜美（やみ）達らの救出に駆けつける。そして凄まじい強さを見せるライカだったが、ワタハタの幻術に翻弄され……!?