「魔法」があらゆるものを構成する世界。優秀な魔法技師を送り出す魔法学校には決して触れてはならない禁断魔法が存在した。親に反目し入学したアトリはある日、何者かによって部屋に置かれた禁断魔法書を手にしてしまう。誰にも気付かれず廃棄しようとするが、ある事件によって死んでしまった少年レオンを禁断魔法で蘇生させてしまう。誰にも知られてはならない禁断の秘密を抱えたアトリとレオンの過酷な運命とは――。

禁断魔法を使ってしまったことがキースにばれてしまったアトリとレオン。2人はキースから「3人だけの秘密にしてほしかったらバラバラになった禁書のページを集めること」と言われ従うことに。そんな折、学校には禁断魔法の使用を捜査する魔導警察がやって来る。禁断魔法の使用を隠ぺいしようとするキースだったが、魔導警察のインディゴ准尉の疑いの目は3人へと向けられて──。

禁断魔法を使ったことを瑠璃にも知られてしまったアトリとレオンは、瑠璃を仲間に引き入れ禁断魔法の秘密を探る。しかし、禁断魔法の使用を捜査する魔導警察のインディゴの策略によって、アトリとレオンの秘密がバレてしまう。危機に瀕したその時、学校内で禁断魔法のひとつである生物魔導兵器が現れ、生徒達が巻き込まれた――助けを求める生徒達を前にインディゴが取った行動とは――そして、アトリが二度目の禁忌を犯す――。

二度目の禁断魔法を使い自責の念にさいなまれるアトリは、心の支えとなってくれたクラウダさえも失ってしまう。一方、レオンの体にも異変が起こり、理由を知る謎の少女がレオンに接近。そんな中、15年前にキース達に起こった悲劇の中心人物カナリアが姿を現す。テロリスト達が世界中で行動を起こし始め、禁断魔法をめぐる物語は佳境へ――。