校舎で怪奇殺人事件発生!!　怪奇殺人事件の犯人を追え!!　帝国少年諜報部ミカドボーイ3号として、伝説の元情報将校・神田の下で新米スパイとして働くことになった主人公・柴田英人（通称：ヒデ）。ミカドボーイ2号の銀とともに帝都に巣食う闇に挑む！　2人にくだされた次なる指令は自分達の通う学院の英国人教師のスパイ疑惑を調査すること。ターゲットのMr.スミスは、ヒデが軍人になることを止めようとするような優しい先生。そんな人が日本の機密を英国に売るような事をするはずない。疑念を抱きながらも、Mr.スミスの部屋に潜入するヒデ。しかし、そこには目を疑うような光景が広がっていた！　本当にスミス先生はスパイだったのか？　真の黒幕の正体とは？

今明かされる銀の正体とは!?　銀をめぐる大きな事件の幕開け！　伝説の情報将校・神田にスカウトされ、少年スパイ・ミカドボーイ3号として働くことになった主人公・ヒデ。女装の名手・銀とともに帝都に巣食う闇に挑む！　スミス先生を殺したのは、なんとヒデの親友・黒木君だった。しかも、黒木君の背後には、ずっと追い続けてきた謎の2人組の姿が。真実がすぐそこにあるのに、ヒデは黒木君に飲まされた毒で崩れ落ちてしまう。黒木君が用済みだと分かると、2人は黒木君を殴り倒し、建物に火を放つ！　辛くも燃え盛る黒木邸から銀によって救助されるヒデ。だが誰一人として救えていない無力感にさいなまれてしまう。そんな折、銀がヒデの家にやってくる。でも、それが次なる奇怪な事件の幕開けだった！

世界を滅ぼす「天界の卵」を追え！　とんでもない最後が待ちかまえる最終巻！　時は昭和12年。元情報将校・神田にスカウトされ、少年スパイ・ミカドボーイ3号として働くことになった主人公・ヒデ。記憶を失ったままスパイとして働く銀と一緒に、帝都の闇を駆け抜ける！　突如現れた銀の双子の兄・コガネ。コガネは銀を誘拐し、とある研究所跡に連れて行く。そこは「呪われた研究所」。新型爆弾の製造中、一人をのぞく研究員全員が死亡する事故が起こった場所。この唯一の生き残りが、銀とコガネの母親だった。コガネは銀を兄弟にとっての思い出の場所へ連れて行き、記憶を取り戻させようとしているのだ、母が作った世界を滅ぼすかもしれない物体「天界の卵」の隠し場所を聞き出すために！　世界を救う指令発動！　冒険に出発っ！