1868年、明治政府が発足した。サムライガンを擁する反幕府組織・評議会は、新政府に吸収される事となる。しかし権力の争奪が行われた後に組織は新政府側の赤軍と反逆集団の黒軍とに二分。だが赤軍に戦争を仕掛けた黒軍は敗北した。それから数年後…再び黒軍が現われた。そして黒き逆賊・月光が動き出す!!

1881年5月、明治政府が治める地、日本。かつて蝦夷と呼ばれていた北奥の地で、明治政府に抵抗する組織、北奥独立連邦建国準備連合体に、反逆の集団、黒軍の生き残りは身を寄せていた。その中に、黒き逆賊・月光の姿もあった。抵抗組織に手を貸すことになった月光は、新エネルギーの武器・ロシアンフィールドを手に、山岳型重サムライガンを相手にすることになったが…。

年が明け1882年北奥の地、函館。そこは外国人居留地を含む経済特別区を持っていた。赤軍の基地から脱出した黒き逆賊・月光は、経済特別区の“東街区”の外国人の店に身を隠していた。軟禁されているのを知りつつそこで傷を癒す月光。だが、彼をサムライガンとして運用しようと、暗躍する者たちがいた。一方、ロシアも“ヴォルゴ”の実験のためこの地で…。

1882年北奥の地、函館・五稜郭。囚われていたクリス救出のため潜入した月光。だが、ヴォルゴの暴走により、五稜郭は消滅してしまう。一方、月光の行方を追う絹は、赤軍に追われつつも月光を捜しだすために、五稜郭へ向かう。果たして月光の生死は？　そして、ヴォルゴとは一体何なのか？　すべてのナゾが今、解き放たれる!!