『助けて』そう言葉を残し、雨宮桜子は姿を消した。夜科アゲハは彼女を捜すため、連続“神隠し”失踪事件に関わる都市伝説「秘密結社サイレン」へとアクセスする。そして、アゲハの命を懸けたゲームが始まった!!

現実の世界に戻ったアゲハを襲う謎の高熱と鼻血。それは、力の目覚めだった。数日後、テレパシーで呼び出されたアゲハは、雨宮の師・八雲祭と出会う。そして、祭からサイレンの恐るべきルールが語られた！

再び、サイレン世界に招集されたアゲハ達を、巨大な“蟲”とPSIの力を込めた銃を使う謎の男が襲う！　弾切れした銃に男が力を充填している間に、事態を打開しようとする一行。だが朧とカブトに感染症状が現れ!?

二度のサイレンでの冒険で実力不足を痛感したアゲハ達は、身体能力を強化するライズを特訓する。そして、アゲハは自らの漆黒のバーストを制御する訓練を始める。一方、朧は天樹院エルモアに呼び出され…!?

カブトの叔父の山荘から、世界崩壊の手掛かりを手に入れたアゲハ達。しかし、“ワイズ”の一員・ドルキとその部下に見つかってしまう。強大な力を見せつけるドルキから、バラバラに逃げ出したアゲハ達だが!?

死の運命をエルモアに伝えようとするアゲハ。しかし、ネメシスQによって異世界へと飛ばされてしまう。そこで明かされるネメシスQの正体とは!?　一方、影虎はPSIを使う連続闇金窃盗犯達を追いかけるが…!?

犬居を倒しワイズの情報を聞き出そうとするアゲハ達の前に、恐るべき力を持つ男が現れた。口封じのために犬居を殺した男は、アゲハ達に襲いかかるが!?　一方、未来から持ち帰ったDVDの映像にも変化が…!?

星将達の襲撃を受け、分断されたアゲハ達。シャイナの瞬間移動能力の前に、なす術無く敗れる飛龍と朧。そしてドルキの爆撃からアゲハを庇いカブトも倒れてしまう。絶体絶命のアゲハ達の前に現れたのは…!?

突如現れたネメシスQからの救援の要請を受け、アゲハ達は夢喰島へと向かう。しかし、そこにネメシスQの主を狙う謎の集団“ネオ天草”が現れた！　予知能力を使い、その集団を率いる男の正体とは果たして…!?

遂に出会ったアゲハとネメシスQの主。サイレンのゲームの謎を求めるアゲハ達に、彼女が明かした自らの正体とは!?　そして真の目的とは!?　一方、行方不明になっている朧と飛龍は、それぞれ生き残っていたが…。