超人界伝説の英雄・キン肉マンがキン肉星に帰還し、第58代キン肉星大王に即位して28年。世は再び、悪行超人たちが猛威をふるいはじめていた。旧世代の正義超人たちが次々と倒れていく中、地球の平和はキン肉マンの息子・万太郎ら、新世代の正義超人たちに託された！

選ばれし10人の新世代正義超人のひとりとして、悪行超人の手から平和を守るために地球へ派遣された、キン肉マンの息子・万太郎。その彼の前に、新世代悪行超人のエリートであるd・M・p（デーモンプラント）の3人の刺客が現れた。中には、ロビンマスクの息子・ケビンマスクの姿も…。

ついに始まった、キン肉万太郎ら新世代正義超人軍と悪行超人d・M・p（デーモンプラント）の全面対決。死闘の末、正義超人軍は強敵のテルテルボーイとMAXマンを倒したものの、息つく暇もなく、旧悪魔超人サンシャイン率いるナイトメアズが、かつての恨みを晴らすべく宣戦布告を!!

サンシャイン率いるナイトメアズとの第一戦は、辛くも新世代正義超人テリー・ザ・キッドの勝利に終わった。続く第二戦、ついに万太郎が悪行超人チェック・メイトと激突!!　痛みや苦しみを一切感じないという、チェックの圧倒的な強さの前に大苦戦する万太郎だが!?

悪行超人の猛威を撃退した、万太郎ら新世代正義超人。平和を満喫する間もなく、新たに台頭してきた新世代正義超人二期生と、万太郎ら一期生の日本駐屯をかけた入替え戦が開催される。一期生はガゼルマンがいきなり敗退、続くセイウチンも絶体絶命のピンチに!!

悪行超人を撃破した万太郎ら新世代正義超人一期生の次なる試練とは、ジェイドら二期生エリートとの日本駐屯をかけた入替え戦だった。ガゼルマン、セイウチン、キッドと次々と敗れる波乱の中、ただひとり準決勝に挑む万太郎の前に、強豪二期生が立ちはだかる!!

日本駐屯をかけた新世代超人入替え戦も、いよいよ準決勝。第一試合で、一期生の万太郎は二期生クリオネマンを撃破し、決勝進出を決める。続く第二試合は、ジェイド対スカーフェイスという、二期生同士の因縁対決。開始と同時に、ジェイドが猛攻をかけるが…!?

日本駐屯をかけた新世代超人入替え戦の決勝は、一期生代表のキン肉万太郎と二期生代表のスカーフェイスの対決に。必殺技のキン肉バスターをスカーに攻略され、早くも虫の息の万太郎。そんな中、スカーの正体が悪行超人だったことが発覚し、場内は騒然となる！

新世代超人一期生のキン肉万太郎は、悪行超人の魔の手から地球を守り、さらに二期生との入替え戦にも勝利するなど、連戦連勝。二階堂凜子ちゃんというガールフレンドもできて、プライベートでも絶好調。そんな中、万太郎にキン肉星への帰還命令が下されて…!?　※特別編「キン肉マンVSテリーマン」は、「キン肉マン 37巻」に収録されている内容と同じものになります。

数々の死闘を経て、肉体がボロボロになった新世代超人キン肉万太郎。キン肉星次期大王継承者として、真の火事場のクソ力を身につけるため、“火事場のクソ力修練”でノーリスペクトの三人と対戦することに。網走で、ひとり目のフォーク・ザ・ジャイアントと激突!!