悪魔将軍再降臨の阻止からしばらく、地球には平和が戻っていた。そんなある日、まだ見ぬ危機に備えて訓練を重ねていた平和の立役者・新世代正義超人たちの前に、謎の怪超人が現れた!?　…“伝説の超人”の息子たちによる、時空を超えた作戦が今、始まる――!!

21世紀、かつて地球を救った“伝説超人（レジェンド）”の息子たち、“新世代超人（ニュージェネレーション）”の前に、伝説超人の抹殺を目論む、“時間超人”が現れた…。暗殺のため、まさに伝説超人の活躍した時代、20世紀へとタイムスリップした時間超人。急遽、新世代超人・キン肉万太郎たちも、時空船（タイムシップ）を造船し、追いかけたのだが――!?

時間超人の凶行を防ぐべく、伝説超人たちが活躍した時代、20世紀へとタイムスリップしたキン肉万太郎ら新世代超人。渾沌状態となった超人界は、最強を決するため“究極の超人タッグ戦”の開催を決定!!　次々とタッグが結成される中、パートナーが決まらず途方に暮れる万太郎。そんな時、時空船に密航していたネプチューンマンが現れ…!?

悪衆・時間超人を追い、’80年代へとタイムスリップした万太郎たち新世代超人。新旧超人入り乱れた、この時代の最強を決める“究極の超人タッグ戦”が開幕――!!　しかし、パートナー選びに苦戦する万太郎。やっと見つけた相手は、なんと超人オタクの人間!?　偉大なるキン肉マングレートのマスクを被らせ入場するが――!?

ついに開幕した究極の超人タッグ戦!!　まずは予選となる、全16チーム総登場のバトルロイヤルが始まった――!!　しかし人間であるカオスをパートナーに選んだ万太郎は、他の超人たちの集中攻撃を受けてしまう。そして、ネプチューンマンによって狂暴化したかつての友・セイウチンまでもが、万太郎に襲いかかり…。

新旧超人入り乱れ、時空を超えた激闘を繰り広げる究極の超人タッグ戦！　バトルロイヤル形式の予選も終わり、ついに本戦である決勝トーナメントが始まった――!!　人間のカオスとタッグを組んだ万太郎も、なんとか本戦へ出場！　そして一回戦の会場である川崎球場へ…と思いきや、向かった先は千葉県の幕張!?　前途多難な試合の行方は!?

ついに『究極の超人タッグ戦』一回戦のゴングが鳴った!!　Bブロックの「万太郎＆カオス」組は変幻自在の強敵『地獄のカーペンターズ』と対決!!　ビビりまくりのカオスだが、得意のオタク知識が爆発し…!?　一方、Aブロックには夢のタッグ『ロビン＆キッド』組が早くも登場!!　しかしケビンの肉体消滅を見せられ、動揺したロビンは…!?

『究極の超人タッグ戦』Aブロック一回戦を、辛くも勝ち抜いた万太郎＆カオス組。続くBブロックのロビン＆キッド組も、思わぬ深手を負いながらも、二回戦へ進出した!!　そして2試合目に登場したのは、謎のヌイグルミタッグ「ヘルズ・ベアーズ」!!　そのかわいい見た目に隠されていた、驚愕の正体がついに明らかとなり…!?

『究極の超人タッグ戦』リザーブマッチに名乗りを上げた、ブロッケンJr.とジェロニモ！　全ては、悪衆・時間超人打倒のため！　しかし、ライトニングとサンダーが鳴らす“伝説”破壊鐘の音でトラウマが甦り、伝説超人たちは、手も足も出ない状態に…。絶体絶命のブロッケンJr.たち…果たして逆転の糸口を掴むことができるのか!?

白熱の『究極の超人タッグ戦』Aブロック一回戦第2試合。テガタナーズの善戦に、決意を新たにして戦いに臨むジェイド！　だが、師匠・ブロッケンJr.から受け継いだはずの必殺技“ベルリンの赤い雨”が、発動しなくなってしまった…。相棒のスカーも“狂乱の仮面”により、悪魔超人化！　スーパー・トリニティーズ分裂の危機!?