日本競馬界は無敗の2冠馬・フィールオーライの独壇場!!　ミドリマキバオー達の活躍も昔話に。そんな中、地方の高知競馬場に出馬してるマキバオーの姿が!?　ミドリマキバオーそっくりのヒノデマキバオー。アイドルホースとして人気を集めているが、彼の正体は――!?

地方の高知競馬場でアイドルホースとして大人気のヒノデマキバオー。念願の初勝利を飾るも、無理がたたり脚を故障してしまう。休養と特別メニューのため桂浜にやってきたマキバオーと隼人は、そこで闘犬・雷電と出会う。その頃高知競馬場では、大変なことが!?

一度はダービー馬を目指すが、高知競馬のために断念したマキバオー。しかし黒潮ダービーへの思いを断ち切れず苦しんでいた。一方バットは高知競馬のアピールのために、遠征を決める。だが遠征先のさきたま杯には、前回黒船賞でバットを破ったライバルが出場し…。

高知3歳王者をきめる黒潮ダービーがついに決着!!　興奮冷めやらぬまま、ヒノデマキバオーたちはダート3歳最強馬決定戦・ジャパンダートダービー偵察のため東京へ。だが、ひょんなことから謎の記者・嶋島と出会い、北海道のみどり牧場へ行くことになり……!?

ジャパンダートダービーでのアマゾンスピリットの走りに刺激を受けたマキバオー。秋の3歳ダート王者決定戦・ダービーグランプリを目標に掲げ九州でのトライアルレース挑戦を決意する。高知で勝ち星を順調に伸ばし、臨んだ九州の荒炎賞には2頭のライバルが!?

阿蘇ギガント牧場で猛特訓をつんだマキバオーは、秋の3歳ダート王者決定戦への切符をかけて、ロータスクラウン賞へ挑む!!　先頭争いを制したマキバオーだったが、背後からは強敵・佐賀四天王らライバル達が迫る…。果たしてマキバオーの才能は覚醒するのか!?

九州・ロータスクラウン賞での激闘を経て秋の3歳ダート王者決定戦・ダービーグランプリへ挑むヒノデマキバオー。決戦の舞台となる盛岡でかつてのミドリマキバオーの騎手・山本菅助との再会を果たし、ダービーが開幕!!　マキバオーがついに全国の戦いに挑む!!

ヒノデマキバオーの全国デビュー戦となったダービーグランプリがついに決着！　そんな中、激戦を勝ち抜いてきたダートの強豪たちが集うジャパンカップダートが開幕する。屈指の実力を誇るアマゾンスピリット、マウンテンロックらに世界からの刺客も加え、熱砂の決戦が始まる!!

砂の王者を決めるジャパンカップダートも最後の直線！　ペースを操ったキングアナコンダら先頭集団と、罠を見抜いたマウンテンロックに勝負は絞られたかに見えた…。だが、絶望の扉を破り、あの馬が…！　そして、続くジャパンカップでマキバオーはフィールオーライと再会し…？

No．1騎手を決めるワールドスーパージョッキーシリーズで中央デビューした隼人は、マキバオーらの応援の甲斐もなく、初日に大惨敗し失意の中…。自分を見つめ直し挑んだ二日目。中央のホープ・石田に、隼人が果敢に競りかけて…!?　そして、高知に戻ったマキバオー陣営に、思いがけない話が!?