バトルシティトーナメントを制して、しばし休息の遊戯達。だが天馬夜行が率いるインダストリアルイリュージョン社が海馬コーポレーションを乗っ取り、遊戯に魔の手が伸びる。新たな神のカードを持つ天馬に杏子を人質に取られ遊戯は!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

杏子奪還のために、海馬コーポレーションで決闘者たちと決闘を重ねる遊戯たち。だがその途中に天馬夜行が新たなデッキを持ち、勝負を挑んできた。もうひとつの邪神を召喚する天馬。対する遊戯は神を召喚出来ないまま…。　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

海馬コーポレーションでの杏子奪還中、遊戯に代わり決闘した月行は、カード・プロフェッサーに勝利し、遊戯と共に先へ進む。一方遊戯と合流を急ぐ城之内の前に新たなカード・プロフェッサーが。決闘歴一か月の対戦相手にとまどう城之内は…!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

ついに海馬と夜行が激突。勝負の舞台は頂点の闘技場へ!!　一方、遊戯達の前にペガサス寵児のリッチー達が立ちはだかる。先へ進むためリッチーと対戦する月行。だがカード・プロフェッサーの頂点に立つリッチーは強敵で!!　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

【ページ数が多いビッグボリューム版！】夜行を目前にして、キースが立ちはだかる！　遊戯を先に行かせ対峙する城之内に、復讐の炎を燃やすキース。一方、遊戯はついに夜行のもとにたどり着く。それぞれの想いを胸に、今、最後のデュエルが始まる!!　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。