デュエルチャンピオンを目指し、超かっとビング！　好奇心旺盛で何でも挑戦する少年・九十九遊馬。ある日、学校一の不良でデュエリストの凌牙と決闘するハメに。強敵に苦戦する遊馬だが、謎の生命体が現れ…!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

ナンバーズを狩る、ナンバーズ・ハンターが出現！　彼の名はカイト。弟のためにナンバーズを集める彼の背後には謎の黒幕が…。遊馬が持つナンバーズを狙い決闘を挑んできたカイトに対し、遊馬とアストラルは!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

ナンバーズを集めるために潜入したハートランドで、第2の刺客のサンダー・スパークと遭遇する遊馬とアストラル!!　相手が得意とする、先行したプレイヤーが有利なスピード・デュエルで、2人がとる作戦は…!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

凌牙の前に現れた謎の少女・瑠那！　彼女から突然の決闘を挑まれた凌牙は、勝負を制し新たな力を手に入れる。一方、遊馬達はDr.フェイカーの野望を止めるべく、ナンバーズ集めのクラブを本格始動させるが…!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

ナンバーズ大戦に巻きこむまいと、ハルトをかくまおうとするカイト。しかし八雲はハルトを奪い、刺客を彼にぶつける！　遊馬も現場に駆けつけるが、カイトは劣勢を強いられ…。カイトに打つ手はあるのか!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

決闘中にシャドウの罠により、捕えられたカイトと凌牙。遊馬は二人を救うために、特別ルールでシャドウと決闘に臨む。自らのライフを二人に分け与えての決闘で苦戦する遊馬。だが人を信じる力が新たな力を!!　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

八雲の企みでデュエル・スタジアムで決闘することとなった遊馬。対戦相手は弟のハルトを人質に取られたカイト!!　敵として対峙する二人は…。一方、別のスタジアムでは、八雲とシャークの因縁の決闘が始まり!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

八雲と凌牙の決闘により異世界への扉が開かれた。飲み込まれた遊馬達が辿りついた先で、八雲はブラックホールで地球とアストラル界の破壊を目論む。八雲を止めるために凌牙、カイト、遊馬は一致団結して彼に挑むが!?　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。

異世界で団結して、八雲と闘う遊馬とカイトと凌牙。だが戦闘中に八雲は絶望の神『e・ラー』に飲み込まれる。圧倒的な力の『e・ラー』に敗れていくカイトや凌牙。遊馬に勝機はあるのか!?　遊馬の最後の闘いが始まる!!　※デジタル版には同梱カードは付属しておりません。ご了承ください。