ミリオポリス＝かつてウイーンと呼ばれた街。テロ、凶悪犯罪が跋扈するこの国際都市を舞台に、鋼鉄の四肢を持つ3人の美少女――涼月、陽炎、夕霧がおくる戦いという日常！　「なーんか、世界とか救いてえ。」＜ケルベルス＞遊撃小隊の黒犬（シュヴァルツ）こと、涼月・ディートリッヒ・シュルツ（14歳）。武器は拳。だが、かたく握られ、振り上げられたその拳には秘められた壮絶な過去があった――！

「―――克服あれ。」＜ケルベルス＞遊撃小隊の紅犬（ロッター）こと、陽炎・サビーネ・クルツリンガー（14歳）。狙撃手。彼女の中にあり続ける「彼女」と「私」、そして愛した父。紅きスナイパー、陽炎の胸を射抜く「記憶」と脳を貫く「記録」の物語が今、幕を開ける。

「みなさん、アロー♪」＜ケルベルス＞遊撃小隊の白犬（ヴァイス）こと、夕霧・グニグンデ・モレンツ（14歳）。歌い踊りながら任務をこなし、市民からアイドル的人気を誇る。平和を乱す悪い子は超伝導ワイヤーでサイコロステーキにしちゃうぞ。ママから教わった「歌うこと」、「踊ること」、そして「笑うこと」。それは凄絶なる過去すらをも笑顔で覆い尽くすが…。この街を明るく照らす笑顔に秘められた「闇」が今、明かされる。

ミリオポリスの空と、つかの間の休日を引き裂き墜落したロシアの人工衛星。そのパーツをめぐり、ミリオポリスになだれ込んでくるテログループ。それは、この街を壊滅へと導く事件の幕開けだった。さらなるスケールでのぞむ新章[FRAGILE!!]編、開幕！

核のテロを阻止すべく、それぞれ別動して任務にあたるケルベルスの3人。涼月はロシア軍人ユーリー・スタリツキー中佐に帯同。陽炎はミハエル中隊長とともにテログループを追跡。夕霧は市民の混乱を防ぐため、広報活動に従事。ばらばらになった3人は、破滅へのカウントダウンがはじまったこの街を守り抜けるか！　[FRAGILE!!]編、極限展開突入!!

ロシア軍人ユーリー・スタリツキーと行動をともにする涼月。しかし、テロとの戦いの真っ最中、突如ユーリーは涼月の前から姿を消す。裏切られた涼月はもちろんブチギレ！　怒りの塊と化した涼月がユーリーを追う！　ユーリーが姿を消した理由、そしてそこに秘められた驚愕の真実とは!? [FAGILE!!]編、超激動展開突入!!

テログループによる核のリレーはついに最終章へ！　壊滅の刻が迫り来るミリオポリス。この街の運命は3人の少女たちに託された。守り抜けるか、生き残れるか!?　 そして極限の闘争の果てに待ち受ける光景とは――!?　[FRAGILE!!]編、ついに完結!!