サイバネティクス、電子ネットワークが過剰に発展してもなお誰もが地を這うように生きる時代、ネオサイタマで一人の赤黒き復讐者が生まれた。その名はニンジャを殺す者・ニンジャスレイヤー!!　ブラッドレー・ボンドとフィリップ・N・モーゼズによるサイバーパンクニンジャ小説を少年漫画めいたアトモスフィアで描いたコミカライズの幕が、いま上がる!!

サイバネティクスで身を固めたニンジャの力によってネオサイタマを闇から支配するソウカイヤ。巨大な暗黒シンジケートに妻子を殺されたフジキドケンジはニンジャスレイヤーとなりソウカイニンジャを狩り続けていた。邪悪なニンジャソウル ナラクがフジキドを導く先――それは復讐の炎逆巻く阿鼻叫喚の地獄。すべてを巻き込み赤黒き影が繰り広げる壮絶なイクサに刮目せよ!!

邪悪なニンジャソウル・ナラクはフジキドの奥底に封印された。だが、妻子を殺したニンジャへの復讐の炎は消えてはいなかったのだ。ニンジャの力を失い、圧倒的に不利ながらも復讐を続けるフジキドに、ソウカイ・シンジケートは若きニンジャ ドミナントを差し向ける。しかしそれはフジキドの真のイクサの始まりだった――!!

ユカノを人質にとり、狡猾にゲンドーソーを追いつめるソウカイ・シックスゲイツのアースクエイク。ドラゴン・ドージョー、絶体絶命の危機――。そのときカラテ・シャウトとともに赤黒い影が舞い降りる!!　フジキドは、ソウカイ・シックスゲイツに、そして己の内なるイクサに打ち勝つことができるのか――!?

恩師ゲンドーソーを蝕むアンタイニンジャ・ウイルスのワクチンを探すため、ヨロシサン製薬の施設に潜入を続けるフジキド。しかし、協力者を失いながらも、一向に手掛かりはつかめなかった。一方このネオサイタマでも、巨大な闇を追い続ける無謀な者がいた。ジャーナリストのナンシー・リー。その闇に足を踏み入れたとき、ナンシーは赤黒いニンジャと遭遇するのだった！