美少女＋メカのパイオニアとも入れる『冥王計画ゼオライマー』の完結から１年、作画に新鋭・ワタリユウを迎えて、正当なる続編がスタート。原作者であるちみもりをはシナリオだけでなくメカニックデザインを担当の上、絵コンテから作画にいたるまでを徹底監修。秋津マサキと氷室美久の巻き込まれた史上最強のロボット・ゼオライマーをめぐる壮絶なる戦い。それは狂気の天才科学者・若槻魔沙樹の死によって終わりを告げたかに見えた。しかし彼の死は鉄神帝国ネマトーダ基地の自爆を意味し、その爆発は地球を消滅させるに足る規模だった。ゼオライマーの超次元システムを反転させ爆発エネルギーを吸収し、地球消滅の危機を救ったマサキと美久。だが二人はゼオライマーと共にこの地より消滅した……。それから25年後……14歳を迎えた「渡瀬」美久は、毎夜不思議な夢を見るようになる。その中で彼女が求める少年の名は……「マサキ」。