6月都市一のハッカーであるエドベリは、スクラップの中から、彼だけに聞こえる声で泣いていたものを拾い上げた。人形の骸に埋もれた小さな塊。それは軍の戦闘用人間で、人間の脳だった。エドベリはそれに人間の肉体を与え、名を与えた。エンヤ、と……。背徳と荒廃の未来都市を舞台に、二人の戦いがはじまる……。

両親を殺され宇宙空間に放り出された幼い日のエドベリ。過去の悪夢にうなされる彼は、エンヤの中に救いを見出した。だが、両親の敵を討とうとする彼の前に、もう一つの真実が見え始める。〈エレクトリック・エリィ〉……世界の中枢を掌握する大企業。その謎のエリィ財閥から、エドベリは追われ、ついに彼は、エンヤの前から姿を消すことを選ぶ！！

エドベリは、ナシル・エリィのクローンだった！！一度は手放したエンヤを、彼は再び迎えにやって来る。エンヤもまた、もう一度彼を選んだ。そして、地球創世の以前から隠されていた〈一族〉の真実。エドベリと一族の、危険な戦いがはじまる！！

キリエを脱出したエンヤは、エドベリのもとに帰ってきた。だが、一つの出会いが、エンヤに謎の行動をとらせる！！一方、Ｅ・Ｅのジガーとクエロに狙われていたエドベリも、彼らの手に落ちようとしていた……！！

閉ざされた都市・レグルス。エンヤはそこで、偽りの記憶のなか、同じような毎日をくり返していた。ないはずの痛み――ファトム・ペインが涙を流させ、ないはずの記憶が呼びさます。一つの面影を――。一方、脱出したエドベリは、エンヤ救出のためレグルスを乗っ取ろうとするが……。復活！！90年代最高のサイバーパンク＆ラブストーリーの傑作、ついに再始動！！