人生の岐路に立つ高3の春――。一ノ瀬太一は、なぜか苦手と感じる空勢二葉、幼馴染でリア充な三田桃真の2人と同じクラスになる。ある日、二葉から桃真への恋心を打ち明けられ、協力してほしいと頼まれた太一は…!?　青春に染まりゆく3人の新“純”愛物語、開幕!!

夏服に切り替わる初夏――。　体育祭を控えたクラスの係決めで応援団団長・桃真の推薦で副団長になった太一と二葉。桃真の期待に応えるため、2人は必死で練習を重ねる。だが当日、本番の舞台で二葉にアクシデントが発生し!?　体育祭を境に、3人の関係に波乱が巻き起こる!!

青空と入道雲が眩しい真夏――。太一をかばい、怪我を負った桃真。甲子園を目指す桃真が試合に出られなくなったことへの罪悪感で、自分を責め続ける太一。2人は互いを想う気持ちからぶつかってしまう。心配した二葉は気分転換に太一をある場所に誘い…!?

夜空に花火が輝く夏休み――。桃真の兄・誠也から、桃真の進路について本心を問いただしてほしいと頼まれた太一。だが話を切り出せないまま、桃真の退院日を迎えて…。一方、太一の誕生日が近いと知った二葉は、当日4人で花火大会に行き、お祝いしようと計画するが!?

茜色の夕日に染まる秋の始まり――。2学期になり、付き合い出した太一と二葉の関係は友達から少しずつ彼氏彼女に変わろうとしていた。そんな中、舞美が太一に急接近し、不安を隠せない二葉。そして真意の読めない舞美の行動に振り回される太一は!?　事態は周囲を巻き込み、人間関係をかき乱していく!!

木の葉が色づき、秋へと近づく――。文化祭が始まり、太一と桃真は将来について話すうちに気持ちがすれ違う。そんな中、再び舞美と向き合った桃真は、彼女のまっすぐな気持ちに応え、重大な決断を下す。時の流れは、それぞれに「人生の選択」を迫る――!!

曇り空から降り注ぐ冷たい雨――。　文化祭での桃真の衝撃の「告白」から広がった噂に混乱し悩む太一。その影響は周囲にも広がり、傷を残していく。一方、桃真は兄・誠也から真っ直ぐな本音を聞かされる。それぞれが秘めていた想いがぶつかり、関係が動き出す――!!

いくつ季節が過ぎてもきっと忘れない――。　桃真は事件後初めて二葉と向き合うことに。一方、太一は突きつけられた答えの出ない悩みに苦しみ、桃真と距離を置く。そんな中、桃真が学校に来なくなり、太一と二葉は…!?　選んだ未来、そしてその先へ――。『青のフラッグ』遂に完結!!