巌流島の決闘から一年……。宮本武蔵との激闘の果てに、敗死したはずの佐々木小次郎（ガンリュウ）は、実は生きていた！　武蔵との再戦を胸に抱き、ガンリュウは必殺技“空牙”をひっさげ武者修行の旅にでる…!!

謎の武術会に参加したガンリュウと、空手家・轟拳八。二人の前に立ちはだかった天才忍者・猿飛佐助に拳八は倒され、冷酷な佐助に怒り爆発のガンリュウ!!　だが、「巌流」必殺の奥義“空牙”を、かわされてしまい……!?

柳生忍軍200人を、たった一人で斬り倒した武蔵。武蔵と小次郎に実力の差があると悟った幸村は、初代「巌流」の孫娘・杏寿を新たな師匠として、小次郎に引き合わせる。杏寿流の武術指南が始まった…!!

宮本武蔵との“再戦”を目指して江戸へ向かうガンリュウは、箱根で柳生忍軍の攻撃を受け、一時的に視力を奪われる！　だが、絶体絶命のガンリュウの前にあの武蔵が出現!!　“運命の再会”は、果たしてどうなる…!?

江戸に到着したガンリュウは、スリを働く孤児達と出会い家造りを手伝う。その中の一人、四六丸と名乗る謎の少年は、半蔵が密かに狙っていた柳生十兵衛なる剣士だった。家が完成したその時、半蔵が現れ…!?

新しき「器」として柳生十兵衛の肉体を支配した“禍鏤魔”。ガンリュウは禍鏤魔となってしまった十兵衛によって負傷してしまう。苦悩の末、友・十兵衛を助けるためガンリュウは「空牙」を放つのだったが…!?

十兵衛の体を支配した禍鏤魔を追うガンリュウ達の前に、禍鏤魔が放った刺客“死天王”が、行く手を阻む。そんな中、ガンリュウと対峙した死天王・外道丸は、あろうことか、巌流の技“空牙”の構えを見せ…!?

禍鏤魔死天王を撃破し、柳生屋敷に乗り込んだガンリュウ！　武蔵との再会を果たし、力を合わせて十兵衛に乗り移った禍鏤魔に立ち向かう!!　そして二人が待ち望んだ真剣勝負の時が迫る。ガンリュウ感動の完結巻!!