孤児院の少女・アイシャには、自身の血を混ぜて描いた絵に奇跡が起こる不思議な力が宿っていた。しかし、善意で描かれた絵は人間の欲望にまみれ、やがて人を害し「魔女の怪画」と呼ばれるように。アイシャは自ら描いた一番の友人・ロキに、全ての絵を燃やすよう最期の願いを託す。約束を背負った少年・ロキのはるかなる旅が始まる…!!

創造主・アイシャの願いに応えるため、怪画を探し燃やし続けるロキ。そんな彼の前に突如アイシャに瓜二つな少女が現れた！　その正体が、姿を変えた怪画ではないかと疑い、ロキは少女に冷たく接する。怯え傷ついた少女は、怪画に涙を落としてしまうが、血の滲む指でサインをぬぐった瞬間、怪画が具現化！　少女にも“魔女の力”が――!?

リチェの存在が怪画を引き寄せる!?　更に彼女は心を閉ざすロキに大きな変化をもたらすことに…。そんな中、ウィンクルム商会のザクセンは、聖美術財団（セイクリッドメセナ）の動きを警戒、ロキ達へ闇市場に沸く街・ドルトロンへの旅を要請する。リチェとトウエンを伴い、街に到着したロキ。だが、雑踏ではぐれたリチェは、謎の人物に連れ去られてしまう…!?

ロキの窮地を救ったリチェ。2人は強い絆で結ばれる。やがてロキ、リチェ、トウエンは、人形だったリチェの謎を追うため、スノウ・ロペスなる人物を探し、東の都市ナミトへ。そこは聖美術財団（セイクリッドメセナ）の勢力が増す街。一行は、明るく生きる盲目の少年・ルベルと出会い、祖母と二人暮らしの家に泊めてもらうことに。だが引きこもる祖母には大きな秘密が…。次なる街を舞台に新章開幕！

レーヴィが行った検査でロキとリチェを繋ぐ特異結晶（アンダーコート）の謎が明らかに…。動揺するリチェに優しく寄り添う若き娼館のマダム、ヒルダ。だが、気丈に見えた彼女も母から受け継いだ娼館を守るため、レーヴィへの想いを隠し、必死に生きていた。そんな時、ヒルダは幸せな夢を見せる怪画に取り込まれてしまう。巻き込まれたロキとリチェ、レーヴィの三人。怪画の中で少女の姿となったヒルダは、夢から覚める事を拒絶するが…!?

聖美術財団（セイクリッドメセナ）に連れ去られたザクセンを救出するために、天空監獄アスガルドへと潜入したロキたち。そこには無実の罪で収監された多くの人々が…。謎の監獄で囚われの身のザクセンは、記憶を操る聖美術財団の特級学芸員・イシュカの手中にあった。ようやくザクセンの元へ辿り着いたロキたちだったが、その直後、恐るべき監獄長ミゲルが現れ…!?

天空監獄アスガルドの監獄長・ミゲルは、ロキの封額で自らの記憶が聖美術財団（セイクリッドメセナ）に操られていたことを知る。歪んだ財団の正義に荷担した事を悔い、ある決断へ…。一方、財団はリチェを標的に狙いを定める。掘り返された魔女の墓の秘密、財団創設者の正体…ザクセンの導き出した真実に、ロキとリチェは衝撃を受け――!!

聖美術財団（セイクリッドメセナ）の真の目的はアイシャの復活にあった！　戸惑うロキの元に4課の面々が結集、アイシャ救出を誓う。だが財団創設者・ノアリアムは、ロキとリチェを必要不可欠とする恐るべき計画へと突き進む…!!　語られ始めた怪画の秘密、そして魔女と呼ばれた少女、全ての謎が明かされる！　奇跡の物語、ついに完結!!