創造主・アイシャの願いに応えるため、怪画を探し燃やし続けるロキ。そんな彼の前に突如アイシャに瓜二つな少女が現れた！　その正体が、姿を変えた怪画ではないかと疑い、ロキは少女に冷たく接する。怯え傷ついた少女は、怪画に涙を落としてしまうが、血の滲む指でサインをぬぐった瞬間、怪画が具現化！　少女にも“魔女の力”が――!?

リチェの存在が怪画を引き寄せる!?　更に彼女は心を閉ざすロキに大きな変化をもたらすことに…。そんな中、ウィンクルム商会のザクセンは、聖美術財団（セイクリッドメセナ）の動きを警戒、ロキ達へ闇市場に沸く街・ドルトロンへの旅を要請する。リチェとトウエンを伴い、街に到着したロキ。だが、雑踏ではぐれたリチェは、謎の人物に連れ去られてしまう…!?

ロキの窮地を救ったリチェ。2人は強い絆で結ばれる。やがてロキ、リチェ、トウエンは、人形だったリチェの謎を追うため、スノウ・ロペスなる人物を探し、東の都市ナミトへ。そこは聖美術財団（セイクリッドメセナ）の勢力が増す街。一行は、明るく生きる盲目の少年・ルベルと出会い、祖母と二人暮らしの家に泊めてもらうことに。だが引きこもる祖母には大きな秘密が…。次なる街を舞台に新章開幕！

レーヴィが行った検査でロキとリチェを繋ぐ特異結晶（アンダーコート）の謎が明らかに…。動揺するリチェに優しく寄り添う若き娼館のマダム、ヒルダ。だが、気丈に見えた彼女も母から受け継いだ娼館を守るため、レーヴィへの想いを隠し、必死に生きていた。そんな時、ヒルダは幸せな夢を見せる怪画に取り込まれてしまう。巻き込まれたロキとリチェ、レーヴィの三人。怪画の中で少女の姿となったヒルダは、夢から覚める事を拒絶するが…!?

聖美術財団（セイクリッドメセナ）に連れ去られたザクセンを救出するために、天空監獄アスガルドへと潜入したロキたち。そこには無実の罪で収監された多くの人々が…。謎の監獄で囚われの身のザクセンは、記憶を操る聖美術財団の特級学芸員・イシュカの手中にあった。ようやくザクセンの元へ辿り着いたロキたちだったが、その直後、恐るべき監獄長ミゲルが現れ…!?

天空監獄アスガルドの監獄長・ミゲルは、ロキの封額で自らの記憶が聖美術財団（セイクリッドメセナ）に操られていたことを知る。歪んだ財団の正義に荷担した事を悔い、ある決断へ…。一方、財団はリチェを標的に狙いを定める。掘り返された魔女の墓の秘密、財団創設者の正体…ザクセンの導き出した真実に、ロキとリチェは衝撃を受け――!!

聖美術財団（セイクリッドメセナ）の真の目的はアイシャの復活にあった！　戸惑うロキの元に4課の面々が結集、アイシャ救出を誓う。だが財団創設者・ノアリアムは、ロキとリチェを必要不可欠とする恐るべき計画へと突き進む…!!　語られ始めた怪画の秘密、そして魔女と呼ばれた少女、全ての謎が明かされる！　奇跡の物語、ついに完結!!