リトルリーグで天才投手と呼ばれながら、右肩を故障し野球から遠ざかっていた花形満‥‥。肩は完治して再び野球ができるはずだった。だが不良の溜まり場となっていた野球部との勝負中、肩に激痛が走る！　壊れたままの肩を抱え、花形は嗚咽を漏らす。まだ、僕は野球がしたい‥‥。必死に伸ばした手が握りしめたのは打者という希望だった！！

野球部は潰れてしまったが、花形と天野の熱意に黒沢が心を動かされ、草野球チーム『ブラックシャドーズ』を結成！！　だが、花形に引きずられて練習をしてきた赤川達が、突然辞めていってしまう‥‥。チームが３人になってしまった花形のところに現れたのは、花形の元・控え投手レイジ！　花形を目障りに思うレイジによって彼所属の強豪シニアと対戦が組まれるが‥‥！？

花形の旧チームメイトとのガチンコ対決で勝利を収めたブラックシャドーズ！　しかし、やっとチームが一つになったその夜、実は花形が世界的自動車メーカー・花形モータースの御曹子だとバレてしまう。打ち解けたはずのチームと花形の間に、また亀裂が入ってしまう‥‥。

黒沢が名門校の推薦試験に合格すれば、野球部が復活！　しかし黒沢は、自分のせいで推薦を潰してしまった元部員に遠慮してか、試験を受けないと言い出す。どうにか花形は説得するが、試験当日に悲劇は起こった‥‥。衝撃的な事件は花形に何を与えたのか！？

アラタに連れられて見に行った、桜町シニアの練習試合。そこで花形は謎の少年・星飛雄馬と出会う！！　マウンドに上がった彼が、奇怪な音と共に繰り出した豪速球。その１球に魅せられた花形の心に、失いかけていた野球への情熱が沸き始めた！！

飛雄馬に完敗し、甲子園で再戦することを目標とし、紅洋高校に入学した花形。しかし、野球部入部初日に副キャプテンの大泉に「１年は夏までボールにすら触れない」と断言されてしまう。それから２週間。「新入生歓迎試合」とは名ばかりの、１年と２・３年の実力差を知らしめるための試合で、花形が勝利宣言をする！！

紅洋高校野球部で必ず行われる、２・３年チーム対１年チームの紅白戦。１年チームは１回で１１点を取られ、逆転どころか試合続行さえ無理かと思われた。しかし、水野が登板を買って出て、花形が立ち上がった２回裏。２・３年をなんと０点に抑え、３回表には花形のホームランで１点を返す！　花形のスーパープレイに、徐々に勢いに乗る１年チーム。雨も降りだし、天まで味方につけた花形は、宣言通り勝つことができるのか！？

紅洋高校野球部の新入生歓迎試合は、花形の活躍により１年チームの勝利で幕を閉じた。キャプテンも戻り、本気で甲子園を狙うために動き始めた野球部。周りの者を次々と本気にさせる花形に、赤川は改めてその影響力の強さを実感する。一方、天野の居る青雲高校で、もう１人の天才が、ついに動きはじめた‥！！

飛雄馬の豪速球をまともに受けて倒れた伴宙太は、誰にも取れないなら己が取ると、野球部のグラウンドに通いつめる。しかし、素人丸出しのキャッチングでは、いかな巨体でもどうにもならない。だが倒れても、血反吐を吐いても受け続ける伴の姿に、ぼっちゃん校の青雲野球部が少しずつ変わり始める！！

花形率いる紅洋高校野球部と、星飛雄馬を擁する青雲高校野球部が練習試合で対戦！！　花形は初打席で場外ホームランを放ち、控え投手の飛雄馬を挑発。さらに紅洋は早々にエース・滝を登板させる。花形と滝の華麗な連係プレーで青雲高校を黙らせる！　飛雄馬をベンチから引きずり出し、再び花形と対峙させることはできるのか！？