京都に修学旅行中、突如、幕末にタイムスリップしてしまったヘタレ高校生、マコト。状況もわからないまま、いきなり通りすがりの浪人に絡まれ、早くも天国行きの大ピンチ！　しかし、そこを救ってくれたのは、なんとあの新選組局長、近藤勇！！　そのまま新選組屯所に連れ帰られたマコトは、望んでないのに新選組入隊決定～！

近藤勇に拾われ、新選組に入隊したマコトは、一緒にタイムスリップしたまま行方がわからなかった美少女・蓮が、倒幕浪士に捕まっていることを知る。新選組三番隊組長・斎藤一に付き添ってもらい救出に向かうが、マコトには土方歳三から暗殺命令が‥‥。ヒットマンは、まさかの斎藤！？

新選組と長州志士が戦う混乱に乗じて逃げようとしたマコトだったが、沖田総司に危機が迫るのをみて、逃げることよりも彼を助けることを選ぶ。その結果、偶然にも長州の超大物、桂小五郎を捕獲するという大手柄！！　それと同じ頃、とある橋の下では現代の服を身にまとった骸が出現。しかも、その手には現代のお札が‥‥。一体どういうこと！？

岡田以蔵の悲しい境遇を知ったマコトは、彼を救いたいと思うように。しかし、手にしたお札には、マコトが以蔵を斬り殺す影絵が浮かび‥‥。迎えた以蔵との決闘の夜。影絵が暗示した通り、以蔵を殺すしかない状況に追い込まれたマコトは、お札の力を使って、以蔵を平成へとワープさせようと、イチかバチかの賭けに出る！！

史実にはない新選組十一番隊組長に大抜擢され、張り切るマコト。しかし、長州の爆弾男、高杉晋作の企みに巻き込まれ、将軍家茂と共にアメリカ艦を砲撃させられる羽目に。これをマコトの機転で何とか回避‥したと思いきや、まさかのイギリス軍艦砲撃で絶体絶命大ピンチ！！

自分が幕末に来たことで、未来がいい方向に変わりつつあるのを実感するマコト。だが、その一方で、山南敬助が坂本龍馬を騙る“未来人”に襲われ、致命傷を負う事件が！！　しかも、ニセ龍馬の真の狙いは、日本そのものを滅ぼすことだった！？　そんな勝手は、安達マコトが許さねぇ！！　新しい時代を創るのは、このオレだ！