「鬼の半蔵」と恐れられた凄腕の忍者・服部半蔵は、隠居中の身であったが、上様の命で「裏・火付盗賊改役」に着任。謎多き少女・セイと、セイに忠実な剣客・「人斬り浅右衛門」を従え、任務を遂行していくが――。

世間を騒がす「役人殺し」。遺体の上には必ず十字架が置かれるこの怪事件には、隠れキリシタンの関与が疑われていた。事件の真相解明を命じられた「裏・火付盗賊改役」頭領・服部半蔵は、部下のセイと首斬り浅右衛門を従え、調査に乗り出すが――。