守永尋武は、両親を何者かに殺され、自身も瀕死の重傷を負う。運よく一命をとりとめたものの、その日を境に、幽霊のようなものが見えるようになる。雨の日になると現れるそれは、背負う者が殺した人間の死に際の姿――殺人を犯すと浮かび上がる、『人殺しの履歴書』だった。そんな彼のクラスにやってきた転校生・琥珀ゆずかの背後には、おびただしい数の苦しむ顔が浮かんでいて……――。ミステリアスな美少女は天使か悪魔か……？　慟哭のダーク・ファンタジー、開幕！

何者かに両親を殺されて以来、雨が降ると殺人者の背後に、殺された人の姿――「殺人の履歴書（キルロガー）」が視えるようになってしまった、高校生の守永尋武。そんな彼のクラスに、人殺しの肉しか食べられない美少女・琥珀ゆずかが転校してきた。尋武は両親を殺した犯人へ復讐するため、ゆずかとタッグを組むことを誓う。 しかし晴天続きで食料を失い、ゆずかはどんどん弱ってしまう。なんとかしようと街に繰り出した二人の前に現れたキルロガーの持ち主は、いかにも優しそうな老婆で……。

ジャーナリストの中屋敷の誘いで、両親の殺害現場を訪れた尋武たち。当時の再現をしたことで、尋武は犯人が自分の名前を知っていたことを思い出した。そこからゆずかたちと一緒に旅館へ戻り、友人の三苫に会いたいと両親へ申し出るが、実は彼はある事件に遭遇して以来、寝たきりの状態が続いていて……。殺人の履歴書が視える少年と人殺しの肉しか食べられない少女による、華麗なる復讐劇。