高校に入学したばかりの日高は、ある日普通の人には聞こえない不思議な声を耳にする。声の主は、校内の外れにたたずむ塔のような部室棟（通称：部室棟未満）に君臨するかみさまだった。巨大な少女の姿をしたかみさまの声を聞くことができる日高は、彼女のお世話をするという「かみさま部」に入ることになってしまい――!?　摩訶不思議な部室棟を舞台にした、新時代の学園ファンタジー開幕!!

部室棟内にできた海で遊んだり、ゲームの中に閉じこめられたりしながらも、日高とかみさまはハチャメチャで楽しい放課後を過ごしていた。しかし、かみさま部の邪魔をし、部室棟の平和を壊す者たちが現れた。彼らによってかみさまの正体が明らかになり、そして少年と少女の日常は突然終わりを告げる――。