恥ずかしがり屋ながらも、日々頑張ってヒーロー活動をしている日本のヒーロー・シャイ。民間人を恐怖に陥れるスティグマに対抗する力を手に入れるため、イギリスのヒーロー・スターダストと模擬戦をすることに。そして、シャイはその闘いの中で、新たな力に目覚め…!?

スティグマが率いる組織『アマラリルク』に襲撃をうけたシャイたち。これ以上、アマラリルクを暴れさせないために、ヒーローたちは非常措置を発令し、調査をすることに。そしてシャイたちが向かったのは、スピリッツの故郷・ロシアで…!?

スピリッツの故郷・ロシアでアマラリルクと交戦するシャイたち。ツィベタから流れ出た、悲しみに暮れた母の記憶を見たスピリッツは、転身が解けて戦闘不能状態になってしまう。しかし、その中でシャイはツィベタを救うべく、立ち上がり…!?

敵組織・アマラリルクと交戦中のシャイたち。ツィベタとクフフの一戦が終わり、日本へ戻ってきたシャイの前に現れた謎の少女・天王寺曖!!　彼女は関西からはるばる家出をしてきたと言うが、その家出には思いもよらぬ理由があって…!?　そして敵組織・アマラリルクが再び動き、全ヒーローに緊急事態が通達される!!

東京をアマラリルクの支配下から奪還するため、黒球に突入したシャイたちヒーロー。黒球内でシャイたちは骸のようにさせられた東京の住民たちを目撃する。住民を救うため、タワーの頂上を目指すシャイの前に現れたのはドキで…!?

東京をアマラリルクの支配下から奪還するため、黒球に突入したシャイたちヒーロー。ウツロが待つタワーの頂上を曖と共に目指すシャイたちだが、行く手にイノリが現れて…!?　東京奪還編、白熱!!

東京をアマラリルクの支配下から奪還するため、黒球内でウツロと闘うシャイ。曖を体内に取り込み、力を高めたウツロの猛攻に倒れたシャイだが、無垢の力を借り復活を果たす!! 東京奪還編、クライマックスへ!!

東京をアマラリルクの支配から救い出すため闘うシャイたち。アマラリルクに黒球の壁を壊され、人々を怪物化させる瘴気が漏れ出てしまうが、昧が自らの命を使ってでも食い止めようとして…!? 東京奪還編、決着!!

スピリッツの報せをうけて、宇宙船へ出向いたシャイ。シャイが昧の生前に遺した指輪を装着すると、風に包まれてシャイの姿が変わり…!? 世界各国のヒーローが協力しあう成長譚。新章開幕へ…!!