平清盛（たいらの・きよもり）がこの世を去り、頼朝（よりとも）はかつて認めあった男の死に激しく動揺する。また、その死をきっかけに清盛の妻、時子（ときこ）は源氏との総力戦を命じる。一方、戦が始まらないことにしびれを切らした義経（よしつね）は、徳子（とくこ）を手にすべく京の御所へと忍び込む。どうにか徳子を連れだした義経だったが、徳子のため1000日後の再会を約束し、別れる。その頃、頼朝から源行家を差し出すよう迫られた義仲（よしなか）は拒否し、頼朝と義仲の対立が始まろうとしていた。

平清盛（たいらの・きよもり）がこの世を去り、頼朝（よりとも）はかつて認めあった男の死に激しく動揺する。また、その死をきっかけに清盛の妻、時子（ときこ）は源氏との総力戦を命じる。一方、戦が始まらないことにしびれを切らした義経（よしつね）は、徳子（とくこ）を手にすべく京の御所へと忍び込む。どうにか徳子を連れだした義経だったが、徳子のため1000日後の再会を約束し、別れる。その頃、頼朝から源行家を差し出すよう迫られた義仲（よしなか）は拒否し、頼朝と義仲の対立が始まろうとしていた。

義経（よしつね）との千日後の再会を果たすため、自ら舟を漕ぎ、播磨へと向かう徳子（とくこ）。しかし、目前にして難所に捕まり、海へと投げ出されてしまう。荒波に飲まれ、朦朧とした意識で助けられたとき、そこにいたのは……。誰もが知り、誰も知らなかった源平の戦いが始まる！

法王による和睦案が立ち消え、源平合戦の最終局面が幕を開ける。圧倒的な兵力を誇る平家に対し、義経（よしつね）は誰も予想しなかった戦術を見せていく。そして、その力こそが、兄・頼朝（よりとも）との確執へと繋がっていくのだった――。

頼朝（よりとも）と義経（よしつね）の仲を引き裂くため、後白河法皇（ごしらかわほうおう）は義経に対し、平家追討の院宣を下す。そんななか、徳子（とくこ）との再会のため屋島へ急ぐ義経の船に乗り込んだ男がいた。那須与一（なすの・よいち）――源氏随一の弓の名手を味方にし、今、屋島の戦いが始まる。

屋島の戦いに勝利し、平家を海上へと一掃した義経（よしつね）。その勝利は西国のみならず、国中へと響き渡った。次なる海での戦いに備え、義経は熊野水軍を率いる湛増に教えを請う。そして今、最後の海、壇ノ浦で源氏と平氏が激突する!!

武家の常道を破り、平家軍船の漕ぎ手を射るように命じる義経。弓の名手・那須与一に狙われていることに気がついた平家の水夫たちは、皆逃げ出し、平家の船に混乱が走る。源氏の勝利が決しようとしたとき、義経は再会をちかった平家の姫・徳子を見つけた。

壇ノ浦の戦いで、平家軍を破った源氏。義経は、幼い頃から思い続けた徳子との再会を果たす。京へ戻り、再会を喜ぶ二人だったが、幸せな時間は長くは続かなかった。平家の姫である徳子と、源氏の軍神とされた義経がともに生きる道はないのか――。

平家を倒し、想い人・徳子との再会を果たした義経。しかし、義経を鎌倉に迎え入れたい頼朝は、二人の仲を引き裂こうと画策する。

全てを捨てて出家してしまった徳子。義経は再会に一縷の望みを託し、鎌倉へは金輪際入らぬと決める。兄頼朝の怒りを買った義経は、争いたくないという思いとは裏腹に、戦へと巻き込まれてゆく。