枢機卿に就任したジョヴァンニは、ローマに入城。教皇インノケンティウス8世に拝謁するとともに、次期教皇を狙うロドリーゴ・ボルジアをはじめとするボルジア派の枢機卿とも親しくする機会を得た。だが順調に思われたローマでの日々に父、ロレンツォの訃報がもたらされる。狼狽し悲嘆にくれるジョヴァンニ。一方ロレンツォの弔問に訪れたチェーザレにメディチ家の新当主、ピエロは三国同盟解消の意向を語るのだった。

フィレンツェ・メディチ家の新当主、ピエロに三国同盟解消の意向を伝えられたチェーザレは、水面下で動き出す。教皇の健康状態は日に日に悪化し、教皇不在とも呼べる状態が続くなか、ボルジア枢機卿とローヴェレ枢機卿の対立構造は強まり、各国の思惑はこれまで以上に錯綜する。そして、いよいよ教皇崩御のその瞬間が訪れる。ローマは、一瞬の静寂ののち、教皇選一色に染まる。

いよいよ教皇選が始まった。仮設の壁で仕切られた密閉空間で、枢機卿23名は寝食をともにしながら連日投票を行う。各枢機卿の思惑が錯綜するなか、第一回と第ニ回の投票では決着がつかず、教皇選出は第三回へと持ち越されることになった。シエナで吉報を待つチェーザレ。もし、父・ロドリーゴが新教皇になったらどうするかと問われると、「教皇庁をぶっ壊す」と宣言する。チェーザレ野望はどこまでも果てしない。