徳川幕府が揺らぎはじめ、倒幕派によるテロ暗殺が多発した京の都。それらを取り締まるために募集された浪士隊の精鋭集団。その名は言わずと知れた「新選組」!!人望厚い近藤勇のもとに集まった試衛館の面々と、水戸浪士・芹沢鴨を慕う者たち。京へ向かう途中の本所宿で両派の暗闘の芽はすでに始まっていた！一触即発の場面で芹沢に生イモを突き出し、事態を治めたのは剣客集団の中でも異彩を放つあの男だった。

治安回復のため、京に残留することを決めた浪士たち。近藤と芹沢は、まだ名前も決まらぬその集団を公式機関として認めてもらおうと京都所司代役宅を訪れる。そこで近藤は意地の悪い上役から、屈辱的な芸を強いられるが……。一方、土方は身に覚えの無い、ある百姓夫婦殺害の嫌疑をかけられる。新選組の名もいまだ知れ渡らぬ京の町で、隊士たちにとって肩身の狭い毎日が続いていた……。

新選組に女が入隊!?ご重役から組を認める条件として入隊させてほしいと言われたのは着物姿も艶やかな山崎嬢だった。土方は反対するが、約束は破れんとしぶしぶ入隊を認めることにした近藤。同じ頃、原田・沖田・永倉・山南・藤堂の５人は30人もの剣客相手に勝負を挑もうとしていた。数的劣位のうえ、闇の中での斬り合いになる危険な勝負。しかし組の名を上げるためと５人は刀を抜いた!!

新選組は新入隊士を大量募集。大所帯となるにつれて、試衛館派と水戸派の権力闘争はますます激しくなる。収拾がつかなくなる前に手を打とうと土方は、局中法度書を制定させ、規律を守ろうとする。だがそんな矢先、原田がバクチで負け、片腕を切り落とされそうになる。沖田と藤堂は原田を助けに駆けつけようとするが、土方は「ほっとけ」とそっけないそぶりで……。

土方は、倒幕派の連中が傘に武器・弾薬を忍ばせ秘かに集結しているとの情報を掴む。その根城となっている今南寺を襲撃しようとするが、腕の立つ隊士は別件に取られ、残ったのは頼りない新人隊士ばかり。それでも土方の指揮能力で襲撃は成功したかに見えたが、坊主の衣を着た侍たちに不意を突かれ、一転して絶体絶命の大ピンチに!!さすがの土方も観念しかけたその時、遠くひずめの音が聞こえてきて――!?