【電子書籍版『東京大学物語』１～３巻を収録した合本版！】秀才・村上直樹は、東京大学を目指して猛勉強の日々を過ごしていた。ある日、悪友の佐野に連れられ、テニスの試合を見に行くが、そこで試合にでていた、同学年の水野遥に一目惚れしてしまう。遥に一目惚れしてから一週間。村上は毎朝、遥を待ち伏せすることに。ある日、遥に挨拶をされ、狼狽した村上が返した言葉は、「オレと、つきあってください」だった！突然の告白に、遥は…？

【電子書籍版『東京大学物語』４～６巻を収録した合本版！】遥に別れを告げ、後悔している村上は一人妄想の世界に走ってしまう。村上は、函館向陽高校学園祭最後のイベント、函館山の頂への仮装行列に行く遥を見つめていた。そこで再び、果てしない妄想の世界に陥ってしまう。遥と別れ、一人寂しく妄想の世界に入っている村上を、悪友・佐野が叱咤激励する。佐野に、サッカーをしている頃の気迫がある顔つきに戻っていると言われた村上は、遥への想いを再確認するのだった…。

【電子書籍版『東京大学物語』７～10巻を収録した合本版！】入学式で出会った池之幡由貴と遥は、キャンパスの人気者になっていた。しかし、由貴は自分より男に人気のある遥を快く思っていなかった。早稲田大学で仮面浪人をしている村上は、慶應大学に合格した英里から、謝罪の手紙を受け取った。充実した大学生活を送っている遥、サッカーに熱中している佐野、劇団に入り夢を追っている朝倉を見た村上は、自分が取り残されているような寂しさを感じていた。

【電子書籍版『東京大学物語』11～14巻を収録した合本版！】東大後期試験当日、真紀に「水野さんのところにはいかないで」と涙ながらに引き止められるが、試験を受けに行き、晴れて東大生となった村上。充実感と勝利感に酔いしれるなか、入学式前に行なわれるオリエンテーション合宿に参加する。しかし、合宿所に向かうバスの中で、現役生だと反射的に嘘をついてしまい、悪いことに、箱根で卓球勝負をした武田に偶然出会ってしまう。早稲田の仮面浪人生であったことがばれるのを恐れた村上は…。

【電子書籍版『東京大学物語』15～18巻を収録した合本版！】自分のプライドの殻から抜け出し成長する、という理由で、佐野と合コンに参加した村上。しかし、女の子たちにちやほやされ、このままでは偉そうなダメ人間になってしまうと焦る。そんな中で村上は、高飛車な女を見つける。自分に冷淡な人間に近づくことで一歩前へる進めると思った村上は、その女と仲よくなろうとアタックを開始するが…。河野のことで頭がいっぱいの瞳は、遥に告白をして断られたことを河野に伝えられ…。

【電子書籍版『東京大学物語』19～22巻を収録した合本版！】山崎の元恋人・桂木南に連れられて、山崎のもとへ向かった遥と村上。そこにはたくさんのテレビ画面とそこに映った山崎の姿があった。手錠を外してもらうように画面の山崎に頼む二人であったが、山崎はそっけなく「嫌だ」と答えるだけだった。東京から遠く離れたところにいる山崎を探し求め、旅に出ることになった遥と村上。電車の中で、村上に寄り添って眠る遥は、村上の名を連呼するのだった……。

【電子書籍版『東京大学物語』23～26巻を収録した合本版！】北里からスカウトのバイトを紹介された村上は、いまいちノリ気になれない。しかし、北里に「女のコに声をかけるのが怖いんだろう」と言われ、プライドを傷つけられた村上はスカウトのバイトを始める。スカウトのバイトを始めたものの、たった１人の女性もスカウトできない村上は、プライドを傷つけられてばかり。そこで、村上はスカウトを続けるためのいい方法を考える。その方法とは…。果たしてうまくいくのだろうか…。

【電子書籍版『東京大学物語』27～30巻を収録した合本版！】吉野は遥を自分のものにしようと、遥と一緒に寝ているところをわざと村上に見せる。そんな２人を見た村上は、遥が吉野に処女を捧げたと勘違いし、遥から離れていく…。しかし、吉野の計画は上手くいったかに思えたが、遥の心にはまだ村上がいた。吉野は遥の心をコントロールしようと、さらに作戦を練るが…。そして、東大の門に、過去に村上が付き合っていた鈴木英里と小泉真紀が、村上とやり直すため村上を待っていた。

【電子書籍版『東京大学物語』31～34巻（完）を収録した合本版！】谷口の体に指一本触れず、言葉だけで感じさせると意気込む村上。しかし、相変わらず谷口は村上を全面的に拒絶する。SMチックな言葉だけで女をイカそうとする村上は、昔、付き合ったことのある英里を使って実験する。そして、言葉責めのテクニックに自信を持った村上は、再度、谷口にアタックするが、またも失敗…どん底に落ち込む。しかし、明大生の高畠という新しい友人ができ、少しずつ元気を取り戻す。