山形県の山村に住む少年・藤原良は、伝説の闘犬・吹雪号の血を受け継ぐヤマト号と出会い同じ闘犬世界をいきていく。今、闘犬ヤマトの波乱の物語が幕を開ける！！

良は、子犬をヤマトと名づけ闘犬にしようと決意する。良とともにたくましく成長するヤマトだが、闘犬には禁物のうなり声が激しい。そこでヤマトを大蛇と対決させるのだが…!?

ヤマトに負け暴れだしたビッグハンターを、突如現れたジャンボが一撃でしとめた。小助とジャンボは、東京から武者修行の旅をしているというが…!?

ヤマトに敵対心を燃やす闘犬師・立花がヤマト潰しに乗り出す。送り込まれた相手は覆面犬ハリマオ号。ヤマトの得意技がことごとく封じられ、ピンチに陥るが……！？

ヤマトを目の敵にしていた善吉だったが、ヤマトに命を助けられその行動に心打たれる。ライバルの立花はブルーザが 新殺法ジョークラッシュを習得中と聞くと、善吉はヤマトにもジョークラッシュを仕込む為10日間山にこもるが…。

宿敵ブルーザと北日本大会で再び対決したが、立花年男のやとった男が、鉛玉をヤマトにむかって打ち、セリ声をあげたヤマトは負けてしまう。怒った良はブルーザとの野試合を年男に申し込むのだった。

ヤマトの兄ハヤテは、立花の闘犬ブラッキーの牙折りを喰らい牙を失った。ハヤテの飼い主憲一はハヤテを闘犬にする事を決心し、ヤマトを育てた闘犬師・東三郎に預けるが…。

闘犬界の長老、四股五兵衛に誘われ高知に着いた良達は、道中、精十郎と闘犬リュウと出会う。リュウは猿の大群を一瞬にして倒してしまう実力を持ち、ヤマト達闘犬を執拗に狙っている。 そこに、精十郎の双子の弟、宗徳が現れ…。

ヤマトは、闘犬の本場四国の大会で横綱土佐王をも打ちやぶる活躍をみせた。しかし、その喜びも束の間、郷里山形では、良の姉アキコの誘拐事件がおきていた。

姉アキコの誘拐事件を無事解決したのも束の間、闘犬大会で、ヤマトを目の敵にしている立花年男のいとこ・真由美とピート号が、ヤマトを抹殺しようとした。だが、良とヤマトの優しさにふれ、冷え切った真由美の心にも変化が…。