NGOキャンプで優秀な外科医として働いていた朝田は、今は医者を辞め、悠々自適の田舎暮らしの毎日。そこへ大学助教授の加藤が現れ、彼を自分の大学病院に迎えようとする。だが、朝田はまるで興味を示そうとしなかった。そんな中、朝田の家にいた看護婦のミキが突然、倒れてしまい…!?　腐った組織にメスを!!　生命の救世主・朝田龍太郎が、日本医療に革命を起こす!!

朝田は、心疾患で入院している藤吉講師の娘の手術を命じられる。医局では、教授同士の決定事項は絶対だが、朝田は自分で診察してから決めるという。一方、藤吉は娘の外科手術を拒み、医局からの追放も覚悟のうえで、娘を転院させるため病院を出て行くが…。

新薬に賭け、末期ガンと闘う妻とそれを見守る夫。だが、朝田との話で患者である妻の真意を知った夫は、担当医の渋沢に投薬を止めてもらい、ホスピス治療を受ける決意を伝える。それを聞いた渋沢は、新薬の治験がつまづくことに耐えられず、ある行動に出るが…。

バチスタ手術の候補患者が見つかった。１人は余命半年の少女。そして、もう１人は加藤が慕っていた明真大付属病院の元看護婦長・奈良橋だった。改革のためには失敗を許されないバチスタ手術。加藤は悩んだ末に、成功率の高い16歳の女の子を選ぶが…。

バチスタ手術の最中、患者がチアノーゼを起こしてしまった！　動揺する新米工学士の代わりに、朝田は人工心肺装置を使える伊集院に計器のチェックを指示する。さらに患者の心臓に新たな欠陥を発見した朝田は、なんと看護師のミキに越権医療行為であるグラフト採取を命じて…。

明真大では朝田と藤吉の激論の末、第２回バチスタ手術の日取りが決定した。だが、同時期にチームの看護婦・ミキの兄である北日本大の霧島が、バチスタ手術を成功させていた！　霧島にバチスタ論文を先に発表されれば、加藤の教授への道も閉ざされてしまう…。

荒瀬の知人・香が強盗の銃撃に倒れた。荒瀬と伊集院は、朝田の待つ明真大病院へ香を搬送するが、病院に到着したとき、香はすでに心停止していた。だが、朝田は伊集院が宣言したDOA（＝病院到着時死亡）を否定してメスを執ることを決断。さらに天才麻酔医である荒瀬も、このオペに加わって…。

荒瀬の馴染みのバーのウェイトレス・香の退院祝いのパーティに呼ばれた伊集院。するとそこにはバチスタチームの面々も集まっていた。そこで加藤から告げられた衝撃的な事実！　自分の目指していた医療の姿がチーム内に芽吹いていることを知った加藤は…。

教授の座を狙った企みを見抜かれ、ついに野口に戦線布告した加藤。だが、新たに選挙改革案を提出させる教授を見つけなければ、計画は潰される。鬼頭に飲みに誘われた加藤は、一瞬、彼にその役を期待するが諦める。そこへ、鬼頭と待ち合わせていたらしい朝田が現れて…。

想定の範囲を超える深刻な状態であった赤ん坊の心臓を見て、加藤はバチスタ手術の中止を宣言する。だが、朝田だけは続行可能としてこれに反発。その主張は、ただでさえ難度が高い完全内臓逆位の患者に、１度バイパス手術を行なってからバチスタ手術をするという極めて危険な賭けで…。