北条彰は六本木周辺を縄張りとする暴力団・北彰会の総長。ある日、北条は組員の田代を伴い、佐倉代議士のスキャンダラスな写真をネタに強請（ゆすり）を計画。その事務所を訪れるが、そこで出会ったのは政治家秘書には珍しい強面（こわもて）の男で……!?　経済的な繁栄を謳歌しながらも、閉塞感漂う日本の現状に疑問を持った北条彰と浅見千秋。社会の在り方を根本的に変革する必要を感じた二人は、裏社会と政界に身を投じ、「光と影」から『サンクチュアリ』を目指す!!

北条は、縄張りの拡大だけでなく、不動産投資などを通じて得た利益で、北彰会の経済的基盤を強化し、裏社会での地位を徐々に固めていた。気がかりなのは、こうした北条のやり方を、兄貴分の渡海が快く思っていないことだ。渡海は、北彰会を傘下に収める相楽連合の基礎作りに貢献した根っからの武闘派のヤクザ。北条もかつて世話になっただけに、渡海の扱いに苦慮していた。

六本木警察副署長・石原杏子は、北条と浅見がタイのカンボジア難民キャンプで一緒に写っている子供の頃の写真を入手した。二人は、当時住んでいたカンボジアで動乱に巻き込まれ、家族を亡くし「同じ地獄をくぐり抜けてきた」過去があったのだ。そして、裏社会での日本制覇を目指す北条は、まず香港を抑えてから沖縄・九州・四国へと攻め上る計画を立て、渡海を送り込む。

選挙活動中、浅見が暴漢に刺された。このショッキングな事件は、早速マスコミで大々的に取り上げられる。その結果、浅見は新人候補ながらも見事トップ当選を果たす。実は、この事件は浅見を当選させるために北条が書いたシナリオだったのだ。浅見の「当確」が報じられた頃、裏社会の日本制覇のために北条が書いたもう一つのシナリオが渡海によって、沖縄で進行しつつあった。

浅見に痛烈な批判を浴びたことで、若手政治家のリーダー・狩谷は現在の日本の政治の在り方に疑問を感じ始めていた。浅見が苦言を呈したのも、狩谷を中心とする団塊世代の議員グループ「70年会」の力を利用できないかと考えたためだ。同じ頃、北条の策謀により暗殺された今井武山連合総長亡き後の体制を『武山連合の四天王』（松田、加藤、宮村、徳田）が話し合っていた。

浅見と行動を共にすることを決意した猪狩は、民自党の伊佐岡に離党届けを提出する。浅見は、この猪狩を中心とする団塊世代の議員グループ「70年会」による政権奪取を目指す。北条は日本最大勢力の組織「神戸山王会」を訪れ、三代目の緒方に山王会の関東からの全面撤退を要求する。この要求は、山王会の注意を関東に引きつけておくことで、九州制圧に動きだした渡海を助ける『陽動作戦』だった。

政界の実力者、伊佐岡民自党幹事長の誕生パーティが盛大に行なわれた。突然、その会場に浅見ら一年生議員三人と、団塊世代の代議士のリーダー・狩谷ら四人が乗り込み新政策集団「立風会」の旗揚げを宣言する。与野党の若手議員を集めて発表された立風会の基本戦略は、なんと『憲法改正』。これは、あえて世論に波風を立てることで、国民の政治意識を芽生えさせることが目的の戦略だった。

リゾート開発に絡む闇献金容疑を調査していた検察は、ついに政界の黒幕・伊佐岡が関与していたこと突き止める。追い詰められた伊佐岡は、法務大臣と検事総長を伴い緊急記者会見を開く。その席上で、問題となっている闇献金疑惑の責任はすべて故・仙石辰巳代議士にあるという声明を発表し、身の潔白を国民に訴えるのだった。

山王会四代目の伊吹が、組長を殺された長崎組の報復で銃撃された。重態の伊吹に替わり、山王会直系の組長の武藤が強引に山王会四代目代行の地位を手に入れる。ある日、混乱する山王会を憂えていた伊吹のもとに北条が現われる。そして、敵対関係にあった北条と伊吹だったが、今後は極道社会の再編に向け協力することになる。

六本木警察副署長という地位にありながらも、秘かに北条を慕っていた石原杏子と北条がついに結ばれる。そんなことも束の間、武闘派ヤクザの武藤が発砲事件を起こす。負傷者は出なかったものの、次回の選挙に立候補を表明している北条はもとより、北条との関係が週刊誌で暴露された浅見の陣営にまで影響を及ぼしかねない事件だ。