幼い頃に亡くした漁師の父親の言葉から、人命救助を志す新米潜水士の神林兵悟(かんばやし・ひょうご)。配属から４か月、ついに本物の海難に遭遇する！　まっすぐ立っていられないほど荒れた海、見えない目標、ダメかと思ったその時、兵悟は潜水士の最高峰「特殊救難隊」のレスキューを目撃する!!

「特殊救難隊」通称トッキューの隊長と、勝負をすることになった兵悟(ひょうご)。無茶な様子を目の当たりにしたユリは兵悟を心配し、レスキューを目指すきっかけになった事件の真相を告白するが、兵悟は依然レスキュー一筋！　そんなある日、父親の遊覧船と共にユリが、嵐の海の中に姿を消してしまう!!　最悪の海難勃発!?

ユリに父親の救助を頼まれた兵悟(ひょうご)と櫻井(さくらい)は、沈没寸前の遊覧船「うーふぁ」を捜索。しかし、ユリの父親は見つからないまま“索”は尽きてしまう。捜索を断念したその時、兵悟は未捜索の扉を見つけ、命綱を放して一人で捜索に向かってしまう！　大渦が迫る中、船長を見つけ、無事救助できるのか!?

ついに始まった潜水救難技術競技会!!　なんとこの大会で優秀な成績の者はトッキューに推薦されるのだ！　特訓を重ね、張り切る兵悟(ひょうご)だが、強力なライバルが現れた！　消防出身という異色の潜水士・石井盤(いしい・メグル)。その実力は上官からも御墨付きだが……？

友達に誘われて海水浴に出かけたユリと兵悟(ひょうご)は、浜辺で母親を待つ少女・絵里子(えりこ)と仲良くなった。一度は絵里子と別れたが、一人で浜辺に出た兵悟が、遠くで絵里子のボートが浮かんでいるのを見つける。慌てて助けようと絵里子のもとに行った兵悟だが、ホッとしたのも束の間、二人は強い潮流に沖へと流されてしまう！　小さな女の子を抱え、日の傾いてゆく海で、兵悟は漂流の事実を突き付けられる!!

憧れのトッキューに配属され、やる気満々の兵悟(ひょうご)たち新人隊。“鬼軍曹”嶋本(しまもと)の指導で訓練開始!!　日々罵倒されながら訓練をこなすことで精一杯のヒヨコ隊。気持ちばかりが焦るなか、初めての合同訓練で吊り上げた人形を壊す大失敗をしてしまう。訓練の続きで人形の代わりをするのは真田(さなだ)隊長！　今度は絶対に失敗できない!!

星野(ほしの)君が除隊!?　突然の宣告にヒヨコ隊が嶋本(しまもと)に詰め寄るが、その最中に海難通報が！　全ての隊が出払ってしまったその後、さらに基地近くの高速道路で事故が発生!!　車の中に閉じ込められた女の子の救出に、ヒヨコ隊が駆け付けるが……!?

無事にリペリング降下訓練も終わり、ホッと一息の筈のヒヨコ達。しかしその先に待っていたのは、３日連続検定試験と、飲食禁止・不眠不休の１００ｋｍ行軍の「ＧＷ(ゴールデンウィーク)」!!　その地獄の前のしばしの休息を過ごす兵悟(ひょうご)の元に、佐世保から意外なお客がやってきた!!

ヒヨコ隊最後の試練・１００ｋｍ行軍に挑む兵悟(ひょうご)たち!!　過酷を極めるレースに一度は挫けそうになる４人だったが、それぞれの思いを胸にもう一度前に進みだす！　残るはあと僅か。４人全員無事に基地まで辿り着くのか？　そして、いよいよトッキュー本隊へ!!

初出動も無事にすみ、遂に始まった兵悟(ひょうご)のトッキュー生活。個性豊かすぎる三隊に嶋本(しまもと)新隊長が悩む中、兵悟を連れての初めての訓練に出発!!　低気圧で荒れる海中、足手まといになってしまい悩む兵悟。無事に訓練をクリアできるのか!?　そして真田(さなだ)の出発、実家を離れての年越し、兵悟の周りも変化がおこる！