長崎県対馬――。母親と病弱な妹と共に暮らす高校生・玄は、いつもと変わらぬ朝を過ごしていた。しかし、突如現れた正体不明の生物によって、平穏な日々は一変する。島民を喰らい、同化していくその異形な生物は、瞬く間に島を支配していき…!?　その日、支配者の座は“捕食”される――！　絶望に喰われるSFサバイバル、開幕！

異形の怪物・イアスによる対馬占領から一年後。秘密裏に“超巨神計画（ジャイガンティスプロジェクト）”を進めるDARPA（ダーパ）の科学者・輪は対馬からの生還者・玄との接触を試みる。実験への協力を拒む玄に対し、輪の側近リアムは自らの“巨神化（ハルクアウト）”の力を発現させ実力行使に出る。一方、自衛隊には人類を絶望に陥れるイアス上陸の一報が届き――!?　絶望に喰われるSFサバイバル、第2巻!!

騒乱の渦中、“超巨神（ジャイガンティス）”になる決意を固めた玄。怒りを糧に桁外れな力を得た玄は、遂にイアスと対峙する!!　全てを喰らい巨大化した異形を前に、勝利を掴めるのか――!?　一方、イアスがはびこる空港内部。草香江はイアスと“熱”の関係性に気づき、とある秘策を考案するが…!?　追い詰められた人類…！　一縷の希望を頼りに、反撃に転じる――!!　絶望に喰われるSFサバイバル、第3巻!!

遂に始まった対馬奪還作戦。自衛隊と共に護衛艦に乗船した玄であったが、自らが制御できない“超巨神（ジャイガンティス）”の力に不安を感じていた。一方、各地でイアスとの戦闘が始まった島内部。島民を救出する為に動き出した草香江だが、目の前にはかつての戦友・沖田隊長の姿が…!!　始まるイアスとの全面対決!!　異形を殲滅し、人類は勝利を掴めるのか――!?　絶望に喰われるSFサバイバル、第4巻!!

混乱が連鎖する対馬。島内にイアスが蔓延し対馬奪還作戦が絶望的状況に陥る中、草香江は美咲を連れて脱出を試みる。一方、“巨神化（ハルクアウト）”する術を失った玄は、輪が発案した最後の作戦に命を懸けることに。果たして、人類の希望“超巨神（ジャイガンティス）”は再び顕現するのか――!?　絶望に喰われるSFサバイバル、完結!!