『モテキ』の久保ミツロウが描く、高校生活タイムスリップストーリー！　――高校生活3年間、友達も思い出も作らず卒業式を迎えた今村金一郎（いまむら・きんいちろう）。だが同級生の女子・暁（あきら）と階段から転げ落ち、気づいたら3年前の入学式の日へタイムスリップしていた！　憧れていた女団長・宇佐美（うさみ）と再び出逢った金一郎は、応援団に入団し、宇佐美が独りで頑張る応援団の立て直しを目指す!!

応援団の存続を目指し、金一郎（きんいちろう）は、今は辞めてしまった元団員の復帰に狙いを絞る。だが元団員は『土下座の達人』チャンクマに、上下関係が大好きなパイセン野郎、高いコミュニュケーション能力を持つ本格リア充とヒトクセある奴ばかり。合同応援練習が迫るなか、金一郎が元団員達と正面衝突!?

金一郎（きんいちろう）の初応援となる野球部定期戦が迫る！　相手は応援団の名門校・かぼ国。だが、野球部期待の一年生エース・鈴木（すずき）は、失恋のショックで試合どころじゃない！　しかも宇佐美（うさみ）は、かぼ国の応援団長が好き!?　モチベーションだだ下がりの金一郎を鍛えるために応援団は地獄の合宿に突入するも、身勝手なパイセン達に金一郎の怒りが爆発!!　どうなる応援団!!

応援合宿二日目。一日団長に任命された金一郎（きんいちろう）は、チア部との応援練習で、宇佐美（うさみ）とアベタマの振り付けを入れ替えるという暴挙に出る。金一郎の狙い通り応援練習は盛り上がったが、恥ずかしさMAXの宇佐美がブチ切れ！　それをきっかけに応援団の面々は本音を話し出す。応援団がようやくまとまり始めたと思ったその矢先……!?

再び三年前の世界に戻った金一郎（きんいちろう）は、宇佐美（うさみ）にアゲインのことをぶっちゃけ、彼女の悲惨な運命を変えるため行動を開始！　未来を左右する野球部対抗戦まで、あとわずか。応援団はガッチリ団結して新しい応援を作ろうとするのだが、なぜか金一郎と宇佐美の仲に尾ヒレがついて大スキャンダルに巻き込まれたり、金一郎への気持ちに気づいたレオが泣き出したり、前途多難。“アゲイン”で、世界を変えることはできるのか!?

宇佐美（うさみ）の人生が転落するきっかけとなった対抗戦が始まった！　金一郎（きんいちろう）とレオのキッスを知ってしまった先発投手の鈴木（すずき）。彼にとって金一郎は恩人で、レオはちょっと気になっている存在。動揺した鈴木は持ち前のメンタルの弱さが出て、大量点を奪われてしまう。孤立無援となった鈴木のために立ち上がった金一郎。反撃の狼煙は上がるのか……!?

定期戦の応援をやり遂げ、応援団の存続に目処が立った。“アゲイン”して最初の目的を何とか達成した金一郎（きんいちろう）だったが、なぜかモヤモヤ？　三年後の意識で三年前を生きる、金一郎の（勝手な）悩みとは……？　そんなところへ、関係保留中の麗緒（れお）が、金一郎との仲を進展させようと良からぬ画策をして……!?　人間関係こじれにこじれる高校生活タイムスリップストーリー、ヒネクレ男子、恋に揉まれるの巻！

文化祭でオリジナルの劇をやることになった演劇部。だが、脚本がちっとも進まない花高（はなたか）は、金一郎（きんいちろう）からの強すぎるプレッシャーで、ついには登校拒否に。文化祭まで1か月を切り、心配する金一郎たちが演劇部の部室で見たのは、「しにたーい」と歌い踊る花高の姿だった！　その姿になにかを感じた応援団は、花高を美人に変身させ、前代未聞の『しにたいミュージカル』完成に向け動きだす！

三年後にはグラドルとして大ブレイクする地味系・演劇部部長の花高（はなたか）と、応援団が手を組んだ！　目的は文化祭での公演の成功。演目は金一郎（きんいちろう）が脚本を書いた“しにたいミュージカル”。刻一刻と迫る本番に向け、すべては順調に思われたのだが……。なぜか過熱する“しにミュ”フィーバーに顧問教師との対立、やっぱりブチ切れて逃げ出しちゃった金一郎！　次々と勃発する問題を乗り越えて……この応援、成功させられるのか!?

演劇部の立て直しを成功させ、かつてなくポジティヴな金一郎（きんいちろう）。続く体育祭は晴天の晴れ舞台……のはずが、天気はまさかのドシャ降りに。アゲイン前はなかった出来事に人間関係も荒れ模様で、またもや波乱の予感!?　ヒロ君にフラれたアキは失恋モンスターと化し、ヒロ君はゲスの道をひた走り、なんと宇佐美（うさみ）までがアゲインしちゃって……!?