大人気劇場版コミカライズ！！ 陸上自衛隊のイージス艦体験航海に参加した、コナンや蘭、少年探偵団たち。 その一般公開の戦闘演習中に謎の不審船が現れた…！！さらに、艦内で身元不明の人の左腕が発見され…！？ 緊迫のスパイアクションミステリー！開幕！！

洋上に潜むスパイを見つけ出せ！ 陸上自衛隊のイージス艦体験航海に参加した、コナンや蘭、少年探偵団たち。 謎の不審船、艦内で発見された左腕…バラバラだった警視庁、海上自衛隊、海上保安庁は、一致団結！！ 捜査を進めるうち、コナンは、艦内に潜む某国のスパイ「X」の正体に近づき…！？ 究極のスパイアクションミステリー、ここに完結！！