海中航路の安全を守るため、海底火山口に作られた青の本局。そこに所属する潜水艇が青の6号だ。艦長の伊賀三佐が舵をとり、早田二尉が補佐をし、コンピューターによって潜水艇フリッパーの乗員に選ばれたケン太と竜次とその他青の6号乗員は猛者揃い。太平洋各地で潜水艇が撃沈される事件が起こり、青の6号が捜索追撃の任務のため、海底を出発した！