郊外に小さな薬局を構える青年・高宮青樹（せいじゅ）。飄々とした彼は、人形のように美しい、物言わぬ少女・釈菜（しゃな）とともに静かに暮らしている。青樹のもう一つの顔、霊薬を創る力を狙って、あの組織が近づく……。

感情をコントロール出来ずに無意識に人を傷つけてしまう能力に悩む少年・広夢。彼のために“霊薬”を創る薬剤師・青樹が処方した薬とは……!?　青樹の優しさと天使・釈菜の微笑みが生み出すファンタスティック・ストーリー！

愛するあの人に嫌われたいの……。D－ダフネ－を訪れた優花は、偽薬と共にある“薬”を受け取る。その薬によって、婚約者・松岡は意識不明に!!　霊薬、錬金、人造人間……。火野博士の目的とは!?　組織を抜けた青樹と天使・釈菜は、優花と松岡を救うことが出来るのか!?

錬金術師たちの秘密結社“D”を抜け、高宮青樹は釈菜と共に、小さな薬局で平穏な暮らしを送っていた。しかし、第三勢力“C－カオス－”の出現により、またもや彼らの周囲で奇妙な事件が起こり始めた……！

世にも希なるホムンクルス・釈菜と暮らす錬金術師・高宮青樹。釈菜の夢へと導かれ出会った苳子。3年間意識不明で眠り続ける彼女に、青樹が処方した薬とは……!?　そしてついに、謎の組織“C”の首領の正体が明らかに!!

錬金術師のメジャー組織・ダフネに所属していた高宮青樹は、天使のホムンクルス・釈菜の命を救うため、敵対組織カオスに加わることに……。友との別離、渦巻く愛憎……。闇に閉ざされた運命に、青樹と彩牙（サイガ）は光を求め続ける!!

天使のホムンクルスを目覚めさせることに成功した青樹と彩牙。しかし、その時エリックの復讐の牙が剥きだす……！錬金術ロマン、いよいよ愛と奇蹟のフィナーレ!!