禁忌の技術をもって作り出された異形の兵士“擬神兵”。戦乱の国を和平へと導いた彼らは“神”と称えられ、英雄となったのだが、内戦から時を経た今は、ただ“獣”と呼ばれている……。その擬神兵たちを殺すために旅を続ける“獣狩り”のハンク。そして、擬神兵だった父を彼に殺された少女、シャール。父が殺された意味を知るため、シャールは、ハンクと共に旅することを決意する！

かつての仲間であり、この世界に“獣”を解き放った男・ケインの居場所を知ったハンクは、蒸気街「ホワイトチャーチ」へと足を踏み入れる。その街には貧困と犯罪が蔓延し、人々は、止まらない連続殺人の恐怖に怯えていた…。

吸血鬼・ケインの策略により暴走したハンクが、蒸気街「ホワイトチャーチ」の一画を壊滅させてから1年。擬神兵を率いてクーデターを起こしたケインは、「自由国家・新パトリア」の建国を宣言。世界は再び、戦争へと突き進もうとしていた…。一方その頃、故郷「リヴレットウッド村」にある父親の墓前を訪れたシャールは、“決しているはずのない”獣と遭遇し…。

失踪したハンクを捜すシャールは、ライザと共に擬神兵討伐部隊・クーデグラースに同行する。しかしその道中、隊長・クロードから“次の討伐対象はハンク”だと聞かされる…。一方のハンクは、かつての部下・ガルムとの死闘の只中にいた。頑なに獣化を拒むハンクに、ガルムの殺意が爆発。その牙と爪がハンクの体に突き刺さる！

擬神兵討伐のため、クロード率いるクーデグラースと共闘することを決めたハンク。次なる標的は、ボルドクリーク要塞を守る不死身の獣・ケンタウロス！　その砦では、クロードの兄であり、ハンクの宿敵・ケインの姿も目撃されており…。ケンタウロス討伐が目的のクーデグラースとハンクだったが、任務はその域を超え、政府軍と共に要塞攻略戦に加わることに。ついに「戦争」が始まる――!!

ボルドクリーク要塞攻略の障壁だったケンタウロスを倒した政府軍。そのまま要塞制圧に向かわんとする彼らの前に突如、反乱軍のリーダー・ケインが姿を現す！　ハンクにとっては、葬るべき擬神兵を世に解き放った因縁の戦友！　クロードにとっては、家族と国家を裏切った憎き兄！　自らの運命に男たちは━━。

身体を刻まれた者たちは、獣と人の姿を行き来し、次第に肉体も精神も崩れていった…。そのなかで最後まで人の姿と心を保った者だけが擬神兵と呼ばれた━━。シャール、ライザと共に擬神兵が造られた施設“エコール”に足を踏み入れたハンク。そこで目にした幻影が、彼らを過去へと誘う…。

擬神兵研究施設「エコール」で“神の声”を聴き、倒れたシャールはハンクが見守るなか目を覚ます。かつて同じように“神の声”を聴き、擬神兵を生み出した天才、エレイン。彼女との関係を問うシャールに対しハンクは意を決し…。物語は、ハンクが語るエレインとの過去へ━━。

教会での幸せだった日々は終わりを告げ、それぞれの道を歩み始めたハンクたち。ソムニウムの研究者となったエレインは、自らの研究に疑念を抱き苦悩する。その孤独な日々に追い討ちをかけるように彼女の下にハンク出征の報が届く。激化する戦い、絶え間なく響く“神の声”。ハンクとエレインが進む先に待つものは──。擬神兵誕生を紐解く“エコール編”フィナーレ！！

絶望の森を、慟哭の荒野を、悲痛の海を、幽冥の時間の中を狼は歩く。かつての戦友を殺すために‥‥。異形の者たちを狩り続ける、終わりのない暴力の旅路。『黄昏乙女×アムネジア』のめいびいが描く、傑作ダークファンタジー。 ハンクとシャールが辿り着いたのは小さな鉱山町・コールウォールズ。そこは、ケイン率いる新パトリアの支配地域…。その町で、父が残した鉱山を新パトリアから取り戻す為、擬神兵・グリフォンと戦い続ける女性、ファーンと出会ったハンクは、グリフォン討伐に手を貸すことに。しかしその擬神兵こそ、ファーンの別れた