時は西暦2030年。超高度ネットワーク社会で凶悪化するサイバーテロや電脳犯罪に対抗すべく、政府は非公認の超法規特殊部隊・公安9課（通称：攻殻機動隊）を組織した。そんなある日、公安9課に所属するトグサに刑事時代の同僚から一本の電話が入る。これは6年前発生した企業テロ事件「笑い男」事件につながるものだった……。『攻殻機動隊S.A.C.』の代名詞ともいえる「笑い男事件」シリーズが、ついに幕を開ける!!

警視庁の謝罪会見現場に6年ぶりに現れた「笑い男」。いまだ犯人の手がかりが何ひとつ掴めていないにもかかわらず、警視庁は突然「ナナオ＝A」と呼ばれる男が容疑者として捜査線上に浮上してきたと発表する。公安9課は、すべて警察内部の秘密工作だと睨み、ナナオをマークしつつも、独自捜査で真犯人を追いかける。そんな折、長年の沈黙を破って、ついに真の「笑い男」が姿を現す!!　いったい「笑い男」の狙いはなんなのか!?

授産施設で偽の記憶を植え付けられたにもかかわらず、アオイという少年が「笑い男事件」の犯人だと断定するトグサ。事件解明の鍵が厚生労働省ハッキングにあると睨み、捜査を開始する。するとトグサはあるはずのファイルがなくなっていることに気づく。それによりトグサは命を狙われることになり、麻薬取り締まりの強制班に狙撃されてしまう。ついに警察組織や政府を巻き込んだ大事件の真相が少しつづ明らかになる！

『攻殻機動隊　S.A.C.』の代名詞ともいえる「笑い男事件」シリーズ、堂々の完結！　数々の模倣犯を生み出し、警察や政治組織の背後に潜む巨悪が蠢く「笑い男事件」の全貌とは!?　6年前、アオイが瀬良野社長を誘拐したことに端を発した事件の真相がついに明かされる!!　欄外には神山健治監督によるオーディオコメンタリーふうインタビューを収録。