母校である県立北小町高校バドミントン部のコーチになった立花健太郎（たちばな・けんたろう）。部員数が足りず団体戦にも出られない部を立て直せないかと悩む中、校庭の大木を難なく駆け上る運動神経抜群の少女・羽咲綾乃（はねさき・あやの）を見つけ、なんとか勧誘しようとする。だが彼女はなんと……バドミントンが嫌いだった！　目指せ100倍青春、バドミントン部ストーリー開幕！

部員数が足りない北小町高校バドミントン部のコーチになった立花健太郎（たちばな・けんたろう）は、運動神経抜群の少女・羽咲綾乃（はねさき・あやの）と出会う。合宿で妹を名乗る少女・コニーと夏のインターハイでの再戦を約束した彼女を迎え、本格的に練習を開始することになるのだが、そこには彼女をよく思っていない、なぎさとの確執が…！

合宿を経て正式にバドミントン部に入部することになった綾乃を迎え、予選へ向けて始動する北小町高校バドミントン部。風邪を引いたなぎさのお見舞いを終えた帰り道、海に向かって叫ぶ謎の少女に出会う。その少女こそが、綾乃の中学生時代のライバル「芹ヶ谷薫子」。神奈川県の港南高校に通う高校1年であり、中学時代から綾乃をライバル視していた彼女は、高校でこそ綾乃と勝負をつけようと、北小町に押しかけるのだが……。

インターハイ個人戦県予選を順調に勝ち上がる綾乃（あやの）。彼女に注目する謎の「足長おじさん」に誘われ、大会の途中ながら、彼が主催するエキシビションマッチに参加することに。そして対戦相手は、ずっと会いたかった母・有千夏（うちか）の愛弟子。そして会場には母の姿も……!! アフタヌーンに掲載された番外編も収録！

インターハイ準決勝にコマを進めた荒垣なぎさは、以前対戦したことのある石澤望との準決勝に勝利、綾乃が待つ決勝にコマを進める。自分の過去を振り切るために、戦いに挑むなぎさ。そして世界1位を倒し、実力を見せつけた綾乃。中学時代の綾乃に惨敗したなぎさにとって、最後の夏に訪れる、最強の敵との戦い……ついに因縁の1戦が幕を開ける！

綾乃（あやの）vs.なぎさ、インターハイ予選決勝はさらに過熱していく。なぎさは第一ゲーム後半まで温存していたスマッシュを連発し、綾乃を圧倒し始める。そんな中、強打をレシーブしつづける綾乃は、試合に夢中になっていく。激しいラリーの続く中、なぎさの渾身のスマッシュが決まる。その瞬間、今まで小さな声しか出したことのない綾乃の声に異変が……。

綾乃（あやの）となぎさ2人の、1ゲームずつを分けあう死闘は、ついに最後の1ゲームを残すのみに。体力を限界まで絞り出す綾乃。膝の悪化をおして戦うなぎさ。コーチの健太郎（けんたろう）、そしてチームメイトたち、綾乃の幼馴染み、すべての視線を一身に受けながら、どちらも一歩も引かないインターハイ決勝は、いよいよ決着へ！

なぎさの膝の故障が再発したため、団体戦出場の規定人数を割ってしまった北小町高校バドミントン部。未経験者であるエレナをメンバーに迎え、急造のチームで団体戦予選へ挑む。3回戦で前大会優勝校である横浜翔栄高校と対戦する北小町。プレッシャーに押しつぶされそうな理子に、横浜翔栄のエース橋詰が接近する……。

インターハイ団体戦予選。綾乃の活躍で3回戦へと勝ち進んだ北小町は、前大会優勝校である横浜翔栄高校と対戦する。2－2と拮抗した試合は、最終戦、理子対橋詰戦へともつれ込む……。一方、コニーのいるフレゼリシア女子に、綾乃の母・有千夏がコーチとして接近する。全国へ向け、それぞれの思惑は複雑に交差していく！

インターハイを勝ち進むため、部を離れ特訓する羽咲綾乃と、健太郎と膝のケアをしながら練習を重ねる荒垣なぎさ。トーナメント表では、別々の山に振り分けられた2人が、再度戦うのは決勝。全日本ジュニアを制した益子、フレ女主将・志波姫、コニー、優勝候補の一角・津幡など、全国の強豪を相手に、2人は勝ち進むことができるのか？