西暦20XX年、全世界を震撼させる戦慄の爆弾テロが発生。驚異の破壊力を持つ窒素爆弾が世界中の海底に仕掛けられた。「セカイをキレイにしよう」と“やくそく”をしたNWD〈近代兵器処理隊〉のナギとマチが、この未曾有の危機に立ち向かう。爆発までに残された時間は、あと10日……。

「セカイをキレイにしよう」マチと交わしたその“やくそく”を果たすため、ナギはユズ、クロと共に“奴ら”が仕掛けた2基目の窒素爆弾を解体しに向かった。だが、中心部に辿り着いた一行は驚愕する。そこには日本のNWD埋立地を模倣したジオラマが広がっていたのだ―――。

護衛隊隊員・神崎の死をきっかけに仲間を守ることを決意したナギは、“奴ら”の恐怖に怯えて自殺寸前だったユズを救った。その後、二人は逸れていたクロ達と合流し、2基目の信管がある部屋に到着する。だが、そこには信じ難き結末が待っていた……。そして、物語は新たな局面へ―――。

かろうじて一命を取り留めたナギに代わり、3基目の窒素爆弾の解体処理を依頼されたネコは、岬とずっと一緒にいるため、そして海岸で出会った少女との“約束”のため、引き受けることを決意する。一方その頃、海馬指揮官の元には不穏な空気を纏（まと）った3人組が到着していた……。

3基目の窒素爆弾に突入したネコ達一行。途中、敵のホーミング爆弾の攻撃を受け、岬が重傷を負ってしまった。戦争屋のハルは見捨てて先を急ごうとしたが、岬を誰よりも大事に思うネコが激しく抵抗したため、なんとか岬は一命を取り留めたのだった。3基目の信管、そして最後の戦いはもう目前に迫っている―――。