時は1637年の島原。 隠れキリシタンの村に住む少女・サチ。 そこに漂着した、海賊めいた南蛮人・ディエゴ。 そして、時同じくして立ち上がる天草四郎。 抗えぬ歴史の渦が、3人を飲み込んでいく――

サチとディエゴが出会ったのは “奇跡を起こす”謎の青年・益田フランシスコ四郎。 過酷な年貢の取り立てと隠れキリシタンの摘発に 苦しんでいた村民は四郎を中心に蜂起し、代官所を襲う!! サチは、自分たちを苦しめた憎き代官・石川を追い詰めるが――

益田フランシスコ四郎を中心に激しさを増す戦乱。その最中、サチは最愛の人・七右衛門の仇を捜し、四郎を訝しむディエゴは、彼を問い詰める。そして、すべてを知ったディエゴは、日本を出ていく――異聞・島原の乱、完結。