【デジタル着色によるフルカラー版！】生徒会戦挙を終え、副会長に球磨川を迎え入れためだかたち。時は流れ9月、箱庭学園は二学期に突入し、変わらぬ日常を取り戻していた。だが、生徒会の活動に尽力する善吉たちの前に、新たな敵「悪平等」安心院なじみ、不知火半纏が現れる…。　（93話「平等なだけの人外だよ」～101話「それではグッドラック」までの9話分を収録）

【デジタル着色によるフルカラー版！】5人の候補生を迎え始動した次世代育成プログラム。その特別企画として、めだか号令の下に催された宝探しには生徒会役員も参加し、候補生達との対決に。各関門に待ち受ける難敵難問に苦戦する参加者達だが!?　（102話「何も欲しくない」～111話「ふざけられたらいいんだけどね」までの10話分を収録）

【デジタル着色によるフルカラー版！】宝探しもいよいよ大詰め！　1人の脱落者もなくたどり着いた最終関門は、美化委員長・廻栖野うずめ主催の「魔獣退治」。『見えない敵』に苦戦する阿久根たちの前に、マジカルワンダーツギハこと妄想少女の与次郎次葉が現れて…!?　（112話「特別な存在だなんて」～121話「人を一人殺しておいて」までの10話分を収録）

【デジタル着色によるフルカラー版！】13年間、いつもめだかの側にいた善吉が彼女との敵対を決意。取り巻く者たちも善吉派、めだか派で揺れる中、球磨川が第三勢力を発足する。一方、めだか支持派に加わると思われていた阿久根は、とある決意を胸にめだかの前に現れて…!?　（122話「話には聞いていたが」～131話「罠を張ればいい」までの10話分を収録）

【デジタル着色によるフルカラー版！】箱庭学園の三大祭の一つ「聖夜祭」。その日に執り行われることになった生徒会選挙は、思わぬ立候補者が加わり善吉、めだかと三つ巴の様相に。めだかへの気持ちを胸に決戦に臨む善吉。『後継者編』遂に決着!!　（132話「これぞ青春」～140話「生きることは劇的だ」までの9話分と外伝「グッドルーザー球麿川」を収録）