江戸時代、自らカラダを張って世の治安を守る女忍者たちがいた―。幕府転覆を狙う悪党を始め、様々な犯罪が世に蔓延る徳川幕府が開かれて間もない三代目将軍・家光の世、公儀隠密の一つとして“くの一”組織が創られた。幼い頃から教育された忍術と初潮を迎えてから女として教え込まれた秘術・淫術でカラダを武器に政府の為、闇に隠れて悪党を倒していく…。