海に沈む伝説の神剣「クサナギの剣」を手に入れた、少年・神路木ヤマト。クサナギの剣には、日本神話の英雄ヤマトタケルの魂が宿っていた。以降ヤマトは、神の化身「バケガミ」として、襲いくる怪物やバケガミたちと激闘を繰り広げる！

伝説の３本の神剣のひとつ「草薙剣」を持ち、日本神話の英雄ヤマトタケルの力を宿す「バケガミ」として戦うヤマト。ヤマトは、残りの神剣を持つ雷神タケミカヅチのバケガミ・天牙や、戦神スサノオのバケガミ・イズモとの戦いを経て成長していく。そして「草薙剣」「布都御魂」「天羽々斬」伝説の神代三剣を持つ３人が集い、世界をつくり変えようとする組織・テオソフィアのオーディンとの最終決戦に挑む！