“物ノ怪（もののけ）”とは、悠久の時を生きる妖（あやかし）。忍者の末裔として祖父に育てられ、動物と会話ができる少年・弐郎（じろう）は、ある日、森の中で傷だらけの黒猫と出会う。自らを物ノ怪と語る猫の名は“羅ゴウ”。追手から彼を守ろうとした弐郎は、敵に胸を貫かれてしまう!!

対物ノ怪特別機動隠密部の新部隊、通称「黒の灯火（ブラックトーチ）」の一員となった我妻弐郎！　だが、更なる入隊者・桐原零司は、物ノ怪・ラゴウと同化した存在の弐郎に猛反発。敵対する二人に、課長の司場は真剣勝負を命じる。やがて初任務へと向かった「黒の灯火」。そこは、ラゴウが封印されていた地下施設だった…!!

妖術対抗訓練の中で見せられた幻覚の世界で、ラゴウと弐郎は物ノ怪・天鬼（あまぎ）と遭遇。時は江戸時代、幕府の物ノ怪狩りに対抗するため、天鬼はラゴウへ共闘を持ちかけるも拒絶され、逆にラゴウを追い詰める――。殺生石に封印されたラゴウの秘密とは!?　そして訓練終了後、街では連続怪死事件が…!!

物ノ怪の首魁・天鬼への絶対服従を条件に、弐郎から分離されることを承諾したラゴウ！　だが憑依解消の瞬間、ラゴウは力の全てを弐郎に残す。予想外の反逆に、天鬼は容赦ない一撃をラゴウに放つ――!!　一方、物ノ怪との戦いに「黒衣衆」を招集した隠密局。妖力を制御できない弐郎は隔離され、暴走を始めるが、そんな弐郎の下に強力な助っ人が現れる…!?

同胞を欺き、力でこの世を支配しようと企む物ノ怪・天鬼。最後に狙うのは、弐郎の中に残されたラゴウの力。弐郎は天鬼との対決に向け、己の中の妖力と対峙するが、絶大な力を制御できる時間は、ごく僅かと知る。隠密局は総力を結集、弐郎のバックアップ態勢を固める。ラゴウ救出を誓い、弐郎は単身、天鬼の元へ！　長い戦いの歴史に終止符が!?　怒濤の最終巻!!