三度目の世界大戦により、人類は一掃され、後には荒れた大地と文明の残骸だけが残った。それから200年――。人間の少女・ルゥは、ギアのゼットと穏やかな日々を送っていた。そんなある日、謎のギア・クロムが現れ、奇妙な3人暮らしが始まる。だが、狂機（インセイン）との遭遇により彼女の生きる道は一変する…!!

【デジタル版限定！「少年ジャンプ＋」掲載時のカラーページを完全収録!!】巨大ギアに襲われ、突如、戦闘モードを発動したクロム。別の顔を持つ残酷な戦士（ギア）へと変貌し、ルゥを怯えさせる。だが、彼女が発した一言で、クロムは元の姿を取り戻す…。絆を深めた二人は、ヘブンランドへの道（ルート）を探すため、ヴォーダン将軍が牛耳る戦士達の闘技場・ヴァルハラへ!!　そこで二人を待っていたのは――!?

闘技場（ヴァルハラ）で50連勝中の強敵、ヒルドとの戦いに臨むクロム。施設に軟禁状態のルゥは、はみ出し者のカメラギア・ロックと出会い、戦いの行方を見守るも、熾烈な勝負は思わぬ方向へと向かい始める…。一方、ルゥが人間であると気付き浮き立つ将軍（ヴォーダン）。ヴァルハラの運命を握る存在、ルゥに危機が迫る…!!

人間（ルゥ）を利用して、全戦闘ギアの基底プログラムを更新（アップデート）した闘技場（ヴァルハラ）の将軍・ヴォーダン。クロムは、案内役のカメラギア・ロックと中央制御室（コントロール）の奥深くへ潜入、ルゥを救出するが、その直後、建物は倒壊を始める…。闘争に取り憑かれた指揮官（ヴォーダン）に、クロムの怒りが爆発する!!

【デジタル版限定！「少年ジャンプ+」掲載時のカラーページを完全収録!!】クロムとロックに守られ、旅を続ける少女ルゥ。人間の存在を知ったヘブンランドの管理者“R”と“D”はそれぞれ異なる特殊部隊をルゥたちに差し向ける。排除の「討伐部隊（エレファンツ）」、そして歓待の「回収部隊（ドンキー）」、先に三人を捉えたのは「排除」の戦闘ギア、アッシュ。戦いを愉しむアッシュは、クロムに一対一の勝負を挑む!!

ヘブンランドからの「回収部隊」に保護されたルゥたち。友好的な彼らに対し、ルゥは好意的に接する一方で、クロムは一人、警戒を緩めずにいた。一行は目的地（ヘブンランド）への最短ルート、巨大湖へと進路を取るが、穏やかに見えた水面に突如、不気味な巨影が出現!!　クロムは強力な一撃を放つ破壊兵器を託されて――！

【デジタル版限定！「少年ジャンプ+」掲載時のカラーページを完全収録!!】ヘブンランドで予想外のもてなしをされるルゥたち。ゼットを元の姿に蘇らせたいと願うルゥに管理者「D」と「R」は一対一での対話を条件に快諾。やがて200年前の戦争について語り始めた「D」。人類が最後の望みを託した二つの計画とは――!?　ギアと少女の絆を描く壮大な冒険譚、完結編!!