京では幕府側の浪士団、新撰組が勤王党を刺殺していた。一方、竜馬は借金取りに狙われた姉妹を救った。彼女たちの父は勤王の医者で、牢内で死んでしまい、今は自分たちの生活もままならないとの事だった。竜馬は、彼女達の生活を面倒見ると約束した。勝の所に戻った竜馬は、神戸海軍塾の金策のために即、福井の松平春嶽の屋敷まで馬を走らせ春嶽を説得、五千両を福井から引き出した。京に戻り、姉妹の姉、お竜の事を寺田屋に頼みに行くと、そこに陸奥陽之助という男が竜馬を待っていた。

幕府に戦いを挑んだ土佐郷士達を気にかけつつ、竜馬は神戸海軍塾の設立に励んでいた。この郷士達の戦死と武市の投獄が竜馬の耳に届くと、勝は気を利かし、竜馬を京に使いに出した。竜馬は京で、以蔵探しをするが消息はつかめず断念。大坂で勝と竜馬は江戸から着いた軍艦に乗り、勝は竜馬に14代将軍家茂と会わせた。将軍は、子供のようにはしゃぐ竜馬をとても気に入るのだった。その頃土佐では、武市や他の勤王党の郷士が牢生活をし、特に武智以外の郷士に対する拷問は悲惨であった。

神戸海軍塾に長州の桂が訪ねてきた。過激になりすぎた長州の志士達に海軍塾を見せなだめるつもりなのだ。しかし長州志士らは天皇奪回計画を遂行する意志を変えず、桂を残し京へ向かった。この計画を止めるため、桂と竜馬も京へ急いだ。志士の集合場所と思われる２カ所、四国屋に竜馬、池田屋に桂が行くと、四国屋には土佐郷士、中岡慎太郎のみ現れ、真の集合場所は池田屋であった。

海軍塾が閉鎖して、竜馬達は勝の手回しで薩摩藩に保護された。そこで逃亡中の以蔵は竜馬に会えた途端、土佐藩に捕まり入獄してしまった。以蔵が真実を吐いてしまう事を恐れた武市達は、以蔵への差し入れに毒を盛るが失敗。それでも竜馬の助けが来る事を信じて口を割らない以蔵であったが、竜馬が薩摩藩に保護され投獄されることがないと分かると以蔵は全てを話してしまった。

神戸海軍塾が閉鎖され、勝には江戸での蟄居（一室での謹慎）が命ぜられた。勝を見送った竜馬のもとに、姉の乙女から武市と以蔵の死の知らせが届いた。怒り悲しむ竜馬を寺田屋のお竜が体を張って慰めるのだった。そして竜馬達元海軍塾生は、薩摩藩の後ろ盾のもとで貿易をする企てをもって、西郷達と薩摩へ向かった。

長崎に設立したカンパニー亀山社中を陸奥らに任せて、竜馬は薩長同盟実現のため長州に向かった。薩摩に対する恨みがつのる桂、高杉をどうにか説得した竜馬は、また中岡が同じ考えを持ち、西郷を長州に連れてくることを知った。竜馬と桂、高杉は下関で西郷と中岡を待っていたが、約束の日に現れたのは中岡だけであった。西郷は他の重臣達の反対に会い、独断できなかったのだ。西郷にすっぽかされ怒る長州側。竜馬は京の薩摩藩邸で西郷を説得、薩摩名義で長州の武器を買うことを承諾させたが……。

竜馬は薩長同盟実現のため、再度、西郷を説得しその約束を得た。長州ではいまだ薩摩への反感があったが倒幕戦争に勝つには薩長同盟が必要だと説得、桂もとうとう同盟のための京行きを決めた。一方、竜馬は勝が長州征伐の海軍大将に命ぜられるという噂を確かめに、大阪の将軍顧問、大久保一翁を訪ね、それが将軍家茂の願いであることを知った。

両藩の意地の張り合いで進展しない薩長同盟だったが、竜馬の立ち会いによってやっと成立した。大仕事を終え、竜馬は寺田屋のお竜のもとへ忍びに行くが、幕府からの追われの身である竜馬はここで、伏見奉行に見つかり襲撃を受けてしまった。この襲撃で手に重傷を受けたものの、西郷や長州の三吉らのおかげで捕らわれることなく、京の西郷の宿舎で養生する事となった。

竜馬は長州からの米を薩摩に運ぶが、薩摩藩はただ長州と幕府の戦を見守っているだけであると米を受け取らず、今度、その米を長州に返しに行くと、桂は一度進呈した米を戻す事は出来ないと言う。そこで竜馬は、航海術にたけた海援隊と米を商売しようと提案、桂も快くこれを引き受けた。一方、とうとう幕府から海軍大将を命ぜられた勝だったが、危篤状態の将軍家茂が勝を側から離さず竜馬との約束を果たすのだった。

薩・長・土連合の話を中岡から聞いていた竜馬は、後藤との会談を承諾した。お互い恨みのつのった者同士の会談は、一触即発の雰囲気だったが、竜馬が後藤に握手を求め成功に終わった。そして後藤は、土佐の長崎での交易のために、竜馬に付いて海援隊の商売の場に参加するが、他の上士達は郷士と親しくする事に反発し、海援隊の郷士も同じく、後藤と親しくする竜馬に反発するのだった。