江戸時代から続く解体業の老舗「工具楽屋（株）」。高校２年生の工具楽我聞は、その会社の若社長である。とはいえ、ビル解体の仕事をひとつ片付けた今日も、誤って付近の車を損傷させるミスを犯して、ベテラン社員・中之井の厳しいお叱りの言葉が飛ぶ。するとそこへ、内閣調査室から理由アリの依頼が舞い込んできて…。

破壊標的である化学兵器プラント内に突入した際、強化スーツを身にまとった謎の男から襲撃をうけた我聞と國生。頭を負傷した我聞に代わり、國生が「先代から教わった」体術で応戦する。先代社長・工具楽我也の言葉を思い出し、必死に戦う國生だったが…。

特殊開発された科学スーツを着た男・ジャンゴウを見事倒した我聞。だがその隙に、國生と優が黒幕のグラサン男に拘束されてしまった。男はスーツに装着しているデータパックと人質の交換を約束したが、結局解放されたのは優だけ。しかも去り際に、スーツの機密保持のため、気絶しているジャンゴウに時限式爆弾をセットしていく。ビジネスのためなら仲間も見殺しにするグラサン男、許すまじ！

夏休みのある日、工具楽家では長女・果歩を中心に「國生陽菜兄嫁化計画」なる特別緊急会議が開かれた。妹たちに優も加わって悪だくみが進行しているとも知らず、我聞と陽菜は卓球部の合宿行きが決まってのほほん気分。だがその頃、先日我聞らを苦しめた科学スーツの開発組織「真芝グループ」も特別会議を開いていて…。

我聞たちが卓球部の夏休み合宿から戻ってきたある日のこと。仙術使いである我聞が“暴走”したことを問題視する静馬かなえが、辻原に抗議をしに現れた。７年前にもある仙術使いが暴走して、犠牲者も出ていることを訴える彼女に対し、辻原の答えは…？　一方事務所でも、中之井が我聞の暴走を心配する國生に、７年前の出来事を話していたのだが…。

真芝グループ第３研を偵察していた番司が行方不明になった。そのため我聞たちは予定を早め、翌日から真芝壊滅作戦の遂行を決定する。その晩、「お兄ちゃんまで帰ってこなかったら…」と泣きじゃくる果歩と、それを抱きとめて説得する陽菜の姿を見て、勝利への決意を新たにする我聞。一方、真芝に捕らえられている番司の前に謎の男が現れて…。

「真芝第三研」の壊滅に成功した我聞は、現在病院で療養中。その一方、辻原はかなえや國生に、過去の真芝との関係を語り始める。８年前、辻原は真芝第二研実験部隊の一員として、殺戮を繰り返していた。だが、指令を受けた工具楽我也の暗殺に失敗し、死を覚悟してところ、意外にも工具楽家に運び込まれて…。

ある早朝、工具楽屋に退職届けを携えた辻原がやってきた。我聞の机に辞表を置き、黙って去るつもりだった辻原。だが偶然、仕事で泊まり込んでいた優に見つかってしまい、彼女だけに「真芝に入り込んで、我也さんを助け出す」との決意を語り出す。その頃、真芝グループでは、新兵器の開発に成功した第五研が、またもや我聞をターゲットに動き出そうとしていた…。

真芝第一研の場所とそこに侵入した我也の真意、そして陽菜の父・武文の生存を報告してきた辻原からの連絡が途絶えた!!　我聞は、電話の切れる直前に辻原が告げた「これが最後の仕事」という言葉が信じられず、辻原の携帯を何度もコールする。しかし結局電話はつながらず、辻原の消息は不明のままで…。