妻子の仇、ソウカイヤを壊滅、ネオサイタマを炎に埋めた男がキョート共和国、ガイオンシティに現れた!　もう一つの仇、ザイバツを根絶すべく、ニンジャスレイヤーの新たなイクサが始まる!! シリーズ累計150万部突破の大人気サイバーパンクニンジャ小説、その第二部を完璧コミカライズ!!

ニンジャスレイヤーの殺忍パレードの陰で探偵、タカギガンドーがザイバツの悪魔的所業を暴く!　さらにニンジャスレイヤーの宿敵、ダークニンジャも現れた!!　予測不可能なイクサの行方や如何に!?

宿敵、ダークニンジャとのイクサを痛み分けに終え、ザイバツの企みの手がかりを得たニンジャスレイヤー。だが次に彼が姿を現したのは、凶悪犯罪者ひしめく監獄だった!?　一方、ザイバツ・シャドーギルドでは、頂点の者共が謀略を巡らせていた!!　果たして!?

呪われた古戦場、セキバハラにそそり立つ十字架……。そこに磔にされているのはニンジャスレイヤーだった！　そのニンジャスレイヤーをザイバツ・グランドマスターのイグゾーションが責め立てる!!　真綿で首を絞めるような精神攻撃に、ニンジャスレイヤーが狂気に……!?

まだダークニンジャがフジオ・カタクラだったころ、彼はネオサイタマから遠く離れたエジプトのピラミッドを探索していた。そこで彼は巨大なニンジャのスフィンクス(!?)を発見してしまう!! ニンジャスレイヤーの宿敵、ダークニンジャの裏切りの業、全てはここから始まり、そして家系に掛けられた呪いにより運命づけられたことだった!! その呪い、因縁は遥かな過去、忘れられたニンジャ神話、真の歴史に繋がっていく……。ニンジャ大戦、カツ・ワンソー、ニンジャ六騎士とは??

マスタートータスのマイクロスリケンを避け続けるニンジャスレイヤー。そのジリープアーなイクサにナラクが「ヌンチャクを取れ!」と語りかけた。聖なるヌンチャクを手に入れたニンジャスレイヤーの猛反撃が始まる!!

デスドレイン一味とのイクサに勝利したダークニンジャ、ザイバツにガンバルゾーの声が響き渡り、とあるキョートの片隅では、青年カタオキがニンジャ、シルバーキーとして覚醒する! そして舞台はキョート、ガイオン・シティからネオサイタマ、ネオカブキチョのニチョーム・ストリートに!　そこには街を密かに護るニンジャ、ネザークイーンがいた。その正体は……!?

ネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョームストリートで繰り広げられるイクサ!　ニンジャスレイヤー、シルバーキー、ヤモト、ネザークイーンの四忍がプロセッサーを追い詰める。その時、レッドゴリラとアロンダイトが現れた!　その隙に逃げ出すプロセッサーをヤモトが追いかける。一方その場に残ったニンジャスレイヤーとネザークイーンは、レッドゴリラとアロンダイトとの決戦に臨む。その激しいイクサを傍観者めいて見ているニュービーニンジャ、シルバーキーだったが……。果たして勝利の天秤はどちらに傾くのか!? そして新章開幕!　冷酷非情なニンジャ、ダークドメイン、その恐るべきムシアナ・ジツにニンジャスレイヤーよ、如何に戦う!?

舞台はネオサイタマ、マルノウチ・スゴイタカイビル。そこで始まってしまったザイバツとアマクダリの2大ニンジャ組織の大イクサ!　クリスマスに賑わう街は、モータルの命が無惨に散るマッポーカリプスめいたジゴクと化してしまった。その地獄をさらなる業火で包むように、各々の組織のトップ、ダークドメインとフューネラルがまっこうから激突! 先制をとったのは…?

舞台はキョートへ。琵琶湖に沈みゆく男の影……。その影こそ他ならぬガンドーだった。水底に沈むガンドーの思考は入り乱れ、とある過去の事件へと流れていく。かつての助手、シキベ・タカコ、怪盗スズキ・キヨシ、その怪盗の捜索を依頼してきた正体不明の富豪……。この過去の事件がガンドーにもたらしたものとは?　何故、今、琵琶湖に沈みつつあるのか??　ガンドーの死はニンジャスレイヤーの復讐劇に如何なる影響をもたらすのか???