全世界同時多発爆破事件により不安と混乱が蔓延する2013年――。未曾有の危機に、かつて何度も人々を救った９人のサイボーグ戦士が再び行動を開始する。ゼロゼロナンバーサイボーグは誰がために正義をなすのか？　神山健治監督が日本最高峰のアニメスタッフと共に創造する新生「サイボーグ009」をコミカライズ！

ギルモア博士の召集に応じなかったジェットが所属するＮＳＡに世界同時多発テロとの背後関係が浮上する中、リセットされた記憶が甦りサイボーグ戦士009として復活したかに思われたジョーが衝撃の言葉を発する――『彼の声』に従い自爆テロを計画していたと…。謎と疑惑に翻弄される戦渦でゼロゼロナンバーサイボーグの正義が今、問われる!!

ドバイ上空で、ついに再会を果たしたジョーとジェット！　かつて正義をなすために共に悪を倒し続けた二人は、袂を分かった時から相対することが宿命づけられていたかのように激突する――。そしてゼロゼロナンバーサイボーグ同士の争いの間隙を突いて、『彼の声』の新たな審判が人類に下される！　絶望に満たされていく状況で、ジョーとジェットが導き出した答えとは!?

『人類をやり直せ』と啓示し、核爆発までも実行させる『彼の声』――。その正体を突き止めるために、単独で動くジェット、そしてピュンマの残した調査報告書を紐解くハインリヒ等ゼロゼロナンバーサイボーグとギルモア博士。しかし抗うことへの報いかのように、核心に迫った彼等は謀略によって窮地に突き落とされる！　絶体絶命の中でジェットは“あいつ”のことを口にする――音信が途絶えたゼロゼロナンバーサイボーグのリーダーのことを……。

米軍の死体兵士・ラザロの猛威に追い詰められるも、ジョーの帰還によって窮地を脱したギルモア研究所。しかし、『彼の声』に従って消息を絶った米海軍原子力潜水艦は核ミサイルを構え、人類滅亡へのカウントダウンを刻み続ける…。迫り来る終焉を前に、再び深紅の戦闘服に身を包むゼロゼロナンバーサイボーグ！　今、信じる正義が加速する──!!

ゼロゼロナンバーサイボーグに課された最後の試練。それは『神の声』に従い放たれた核ミサイルを、大気圏再突入前に直接爆破すること。命を擲（なげう）って宇宙へ飛び立ったジョーは、一度はミサイルに取りつくものの、想い届かず無情にも宇宙空間へと投げ出されてしまう…。誰もが諦念したその時、虚空を掴むジョーの手を引く者が──!?